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聚类分析软件操作流程 2011/2/24 背景简介： 在芯片数据聚类分析中,可用的软件有很多,其中最重要的软件就是Cluster和它的相关树可视化软件TreeView。 软件下载： 那如何获取这两款软件呢？以下为两款软件的获取地址： http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/ 选择Cluster 3.0 for windows 和 Java TreeView 下载。 软件安装： 1. Cluster 3.0的安装： Cluster 3.0 for windows 的运行环境为windows系统，所以直接点击clustersetup.exe即安装成功。 2. Java TreeView的安装： Java TreeView下载完成后，文件解压后如下图（图-1）所示，此时Treeview.jar此时默认的是压缩文件，千万不要解压TreeView.jar文件包。在windows系统中，按理说双击 setup.exe 文件能完成安装，但出于某些原因，有的电脑可能运行不了，那是因为缺少了一个Java的运行环境，因此我们需要下载 JRE（Java Runtime Environment，Java运行环境）。 JRE软件官方下载地址为/it/download/manual.jsp （For Windows版本）。 安装完JRE软件后，Treeview.jar文件会自动默认JRE打开，如下图(图-2)所示，若没有自动默认,可右击选择默认打开程序选择JAVA（TM）Platform打开。 图-1 图-2 软件使用： 简单地说： 1、Cluster的作用是应用一定的公式对一定格式的数据进行 过滤（Filter Data）、 校准（Adjust Data）、 分层聚类（hierarchical clustering）、 K-均值聚类（K-means clustering）、 自组织图谱SOM（self organizing map）、 PCA（principle-componet analysis）。 最后输出CDT和GTR格式文件 ( CDT格式为TreeView的默认打开文件格式 ) 。 2、TreeView的作用是对Cluster输出的数据进行可视化显示。 1. Cluster 3.0的使用： (1)数据的载入：Cluster所识别的文件格式为TXT文本文件，文件格式如下图（图-3）所示，数据可由Excel表格直接复制粘贴入文本文件。 点击菜单栏File / Open data file 选择相应文件即可。 图-3 (2)数据的过滤：Cluster的主界面如下图（图-4）所示，点击Filter Data标签，点击所有复选框，数据值默认，最后点击 Apply Filter按钮及Accept Filter按钮。此时数据过滤完成。 图-4 (3)数据的校准：点击主界面的Adjust Data标签如下图（图-5），选择对数转换数据（Log transform data）、聚类基因（Center genes）以及聚类列（Center arrays）前的复选框，数据默认，点击Apply按钮。 图-5 (4)数据的分层聚类：点击主界面的Hierarchical 标签如下图（图-6），需要解释的是Genes区域是设定数据每一行即是否对各个基因进行聚类，Arrays区域是设定数据每一列即是否对几个时期进行聚类。 图-6 此处我们只对每行即各个基因进行聚类，所以将Genes区域的Cluster前复选框勾上， 聚类标准（Similarity Metic）我们选择correlation（uncentered），聚类方法函数（Clustering method）我们一般选择输出均值（Average link age）。点击完Average link age按钮则会在原始数据所在的文件夹自动生成两个文件，文件格式分别为CDT和GTR格式文件。 (5)此时Cluster软件的使命已经完成，接下来进入TreeView进行图形输出。 2. Java TreeView的使用： (1) 软件的运行：双击（图-2）中的Treeview.jar文件。软件主界面如下图（图-7）所示。 图-7 (2) 文件的载入：同样，点击菜单栏File / Open 选择Cluster输出的DAT文件，稍等片刻即如下图（图-8）所示。 图-8 (3) 显示区域的选择：用鼠标左键按住在上图（图-8）中的彩图区域选择需要的显示区域，所选区域会在右边空白区显示如下图（