功能基因组学研究的有力工具_比较基因组学.pdfVIP

第 卷 第 期 东 北 农 业 大 学 学 报 () 36 5 365:664~668 2005年 月 10 JournalofNortheastAgriculturalUniversity Oct.2005 文章编号 ( ) 1005-9369200505-0664-05 功能基因组学研究的有力工具 ———比较基因组学 * 张 森,李 辉,顾志刚 (东北农业大学动物科技学院,黑龙江 哈尔滨 150030) 摘 要:比较基因组学在后基因组时代是一门重要的工具学科。通过不同物种间的基因组序列比较,可以发 现生物体中蕴涵的大量生物学信息,其在功能基因组学的研究中将发挥重要作用。文章对比较基因组学的基本理 论、应用策略、主要分析步骤及有关分析工具进行了概述。 关键词:比较基因组学;功能基因组学;生物信息学 中图分类号: ; 文献标识码: Q343.1 Q789 A 后基因组时代研究的重点将是基因的功能,其 的基因序列的比较而获得信息,然而这种方法不能 中功能基因组学、蛋白质组学是后基因组时代研究 进行大规模各种功能元件的检测,比如:转录调控 的主要内容。伴随着基因组的研究,相关信息出现 区域、非编码的RNA基因和对染色体的结构稳定 了爆炸性增长,迫切需要对大量基因组数据进行处 和功能发挥作用的区域。通过不同物种间基因组序 理,比较基因组学作为一门重要的工具学科孕育而 列的比较分析是获得大量非编码功能序列、功能信 生。比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物 [1] 息序列的有效方法 。 种之间的全方位基因和基因家族的比较分析、构建 1.1 揭示非编码功能序列 系统发育的遗传图谱,来揭示基因、基因家族的起 对人类基因组来说,迄今为止,人们真正掌握 源和功能及其在进化过程中复杂化和多样化的机 规律的只有DNA上编码蛋白质的区域,很多资料 制。随着具有一定遗传关系的基因组信息的不断涌 表明这部分序列只占基因组的3%~5%,即基因组 现,对进化过程中具有一定血缘关系的物种之间的 中多达95%~97%是非编码区。如何深入了解这些 序列比较分析,来获得基因组中蕴涵的丰富信息, 非编码区序列的功能是当前科学家们面临的一个真 已成为高通量和常规实验之外的有效分析手段。利 正挑战。通过不同物种间的序列比较可以鉴定编码 用不同物种基因组之间功能区域顺序上、组织结构 和非编码的序列,这是基于进化过程中功能序列的 上的同源性,克隆新基因、揭示基因功能、阐明物 进化速率相对于非功能区域要慢一些,进化距离决 种进化关系及基因组的内在结构,这便是比较基因 [2] 定了非编码序列的同源性 。亲缘关系较远的物种 组学。本文对比较基因组学的基本理论、应用策略 其内含子序列的一致性较外显子要低一些,外显子 和分析的主要步骤及分析工具进行介绍。 [3,4