开源软件在化学工程学科中的应用初探.pdfVIP

堕 塾塞 No．6 TIME EDUCAT10N June 开源软件在化学工程学科中的应用初探 杨晓光 摘要：本文介绍了化学工程学科 中的开源软件，涵盖了从流程层面到微观分子层面各个尺度，扼要论述了各个软件的特点以及应 用情况，并对开源软件在化学工程学科领域的应用做了展望。 关键词：开源软件 化学工程 流程模拟 计算流体力学 分子模拟 中图分类号：TQ015．9 文献标识码 ：A DOI：10．3969／j．issn．1672—8181．2014．11．017 1 引言 门有一定的难度 ，需要花费用户较多的时间。但OpenFOAM团 近期 ，开源软件取得了长足发展 ，从早期著名的UNIX系统 队定期推出一些培训活动，中国国内以西安交通大学苏军伟为主 发展到 目前应用 日趋广泛的Linux系统以及移动Android系统，在 要召集人的培训也进行了多次 ，这对推广OpenFOAM的应用起 这些开源操作系统上运行的开源软件种类也越来越多，大有形成 到了极大的作用。 开源浪潮的趋势。我国由于商业操作系统WINDOWS系列以及 2．3开源分子模拟软件 建构在其上的商业软件进入较早，开源软件在我国的影响力偏 按理论基础分子模拟软件可以分为两大类 ，一类用经典力学 小，但随着开源软件的进一步完善，以及移动网络的普及，公众开 来描述分子的运动，按照统计观点来得到体系的宏观性质；一类 始越来越多的接触到它们，开源软件的影响也越来越大。 以量子力学为基础，通过直接求解微观粒子的波函数来得到相关 当然，开源软件不可避免地开始影响专业学术活动以及高等 性质。前一类软件按照算法形式又可以分为基于MonteCarlo方 学科教育，化学工程学科中就诞生了众多的开源软件 ，其应用也 法 (MC)与基于分子动力学 (Moleculardynamics，MD)方法的两 变得越来越广泛。一般来讲 ，开源软件有两大优越的特性．SS一， 类。 免费使用 ，这使用户不受版权费用的限制 ，扩大了用户范围；第 其中基于MC方法的分子模拟开源软件中以Towhee的影响 二，开放性，任何使用者都可以在开源软件的基础上进行二次开 最大。Towhee软件是明尼苏达大学化学系Siepmann小组在美国 发，添加用户的特定模块 ，拓展其功能，并发布新版本(当然须遵 能源部支持的复杂体系蒙特卡洛模拟研究项 目的基础之上建立 守相关协议)。在化学工程学科的高等教育中适当引入开源软 起来的，它集多种分子力场和系综研究于一身，相比于其他同类 件，并引导学生进行相关的二次开发 ，有助于培养学生的工程技 软件，其特点在于几乎囊括了所有力场，输入文件设置参数种类 能，激发其创造力。 繁多，能够满足用户的多种需要。 2 开源软件在化学工程学科中的应用 基于MD方法的分子模拟开源软件则以LAMMPS最为著 化学工程学科具有鲜明的多尺度特性 ，从流程的尺度 (十米 名。它是美国桑迪亚(Sandia)国家实验室的一个项 目，最初采用 以上)到设备尺度 (毫米到米)再到分子尺度 (纳米数量级)均在化 Fortran语言编写，后来在2004年以后改用c++语言。LAMMPS软 学工程的学科范围内，在上述每个尺度中研究者均开发了相应的 件作为支持大规模并行计算的分子动力学模拟软件，其影响力越 化学工程学科的专业开源软件，而且这些软件的影响力在不断扩 来越大 ，国内很多高校、研究所购买的大型高性能计算设备中很 大。 多都预装了LAMMPS，如曙光系列的高性能计算服务器等。 2．1开源流程模拟软件