PPrc与蛋白质X结合位点可及性的初步探讨.pdfVIP

氨基酸和生物 资源 · 28 · AminoAcids＆BioticResources2003．25(4)28—32 PrPc与蛋 白质 X结合位点可及性的初步探讨 孙桂 鸿 ，郭 明雄 ，彭小雪 ，肖庚 富H ，胡建 民 (1武汉大学生命科学学 院，武汉 430072；2武汉大学 医学 院，武汉 430071) 摘要 ：根据 PDB提供 的PrP 的原子坐标 ，利用 MSMS程序 ，对 PrP 氮基酸残基溶剂可及表面积进行 了计算和分析 。结果 表 明：(1)PrP 氮基酸残基可及性具有总体 一致性特点 ；(2)PrP 蛋 白质序列 中非保守残基 与种 间屏 障有一定关系 ；(3)在 PrP 向PrPSc转变过程 中，由于蛋 白质 x的结合 ，PrP 可能会 出现一定的构象变化 ，这种变化利于 PrP 向 发生转变 。 关键词 ：朊病毒 ；分子伴侣 ；可及性 中图分类号 ：$852．65 文献标识码 ：A 文章编号 ：1006—8376(2003)04—0028—05 1982年 Prusiner发现了一类不含核酸 的感染 因子 ， 质 x相互结合的位 点进行尝试性 的探讨 。 1 材料和方法 命名为朊蛋 白(PrionProtein，PrP)u。PrP可使人和其 1．1 蛋 白质 的结构数据及序 列资料 它哺乳动物感染可转移性海绵样脑病 (Transmissible 本文所涉及的蛋白质结构数据和序列资料全部来 SpongiformEncephalathy，TSE)。有观点认为可致病 的 自PDB蛋白质数据库 ，文中所列 的蛋 白质代码也系该 PrPsc是由细胞形式 的P 错误折叠而成的，两种结构 数据库中各相应蛋 白质的代码。本文涉及到 的朊蛋白 异型的蛋白质 PrPc和 PrPsc来源于 同一基因，具有相 同 有：人朊 蛋 白 (HumanPrionProtein，HuPrP，PDB号 为 的氨基酸序列和共价修饰 ，但是其理化性质和结构有 1Qm ，1QM3)、小 鼠朊蛋 白(MousePrionProtein，MoPrP， 很大的差异 。朊病毒疾病的传播具有相对种属特异 PDB号为 1AG2)、牛朊蛋 白(BovinePrionProtein，BOPrP， 性和病毒株系特异性 ，这是 由于其一级结构的差异而 PDB号为 1DWY，1DWZ)和叙利亚金黄地鼠朊蛋白(sv卜 在三维结构上形成不同的构象而引起 的b。朊病毒在 ianhamsterPrionProtein，SHaPrP，PDB号为 1B10)。 不同种属之间的传代是一个随机 的过程 ，其特征是在 1．2 计算原理和方法 新宿主中的初次传代通常都有特别长的潜伏期，这种 本文利用 MSMS软件计算 以上所有朊蛋 白的溶 潜伏期被认为是 由于 “种间屏障”(Speciesbarrier)造成 剂可及性 。。。 的。Prusiner认为造成 PrP种间屏障有三个原因：(1)传 染者与被传染者之间PrP序列差异 ；(2)朊病毒株差异 ；