Modeling stochastic phenotype switching and bet-hedging in bacteria stochastic nonlinear dynam=cs and critical state identification.pdfVIP

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2017-08-21 发布于湖北
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QuantitativeBiology2014，2(3)：11O一125 DOl1O．1OO7／s40484—014一oo35—5 RESEARCHARTICLE Modelingstochasticphenotypeswitchingand bet-hedginginbacteria：stochasticnonlinear dynamicsandcriticalstateidentification ChenJia’-- MinpingQian’YuKang。andDaquanJiang’，- ，， ’LMAM ． SchooIofMathematicalSciences。PekingUniversity，Beijing100871，China 2BeijingIntemationaICenterforMathematicaIResearch，Beijing100871，China 3CASKeyLaboratoryofGenomeSciencesandInformation，BeijingInstituteofGenomics，ChineseAcademyofSciences Beijing100101。China CenterforStatisticalScience，PekingUniversity，Beijing100871，China Correspondence：iiangdq@math．pku．edu．cn ReceivedSeptember7，2014：RevisedNovember5，2014；AcceptedNovember14，2014 Fluctuatingenvironmentsposetremendouschallengest0bacterialpopulations．Itisobservedinnumerousbacterial speciesthatindividualcellscanstochasticallyswitchamongmultiplephenotypesforthepopulationt0survivein rapidlyehangingenvironments．Thiskindofphenotypicheterogeneitywithstochasticphenoytpeswitchingis generallyunderstoodtobeanadaptivebet-hedgingstrategy．Mathematicalmodelsareessentialtogainadeeper insightintotheprinciFIlebehindbet-hedgingandthepatternbehindexperimentaldata．Traditionaldeterministic modelscannotprovideacorrectdescriptionofstochasticphenoytpeswitchingandbet-hedging，andtraditional M arkovchainmodelsatthecellularlevelfailtoexplaintheirunderlyingmolecularmechanism s．Inthispaper,we proposeanonlinearstochasticmodelofmultistablebacterialsystemsatthemolecularleve1．Itturnsoutthatour modelnotonlyprovidesacleardescription ofstochasticphenotypeswitching and bet-hedging within isogenie bacterialpopulationsbutalsoprovidesadeeperinsightintotheanaIysisofmultidimensionalexperimentaldata． M oreover,weusesomedeepmathem aticaltheoriestoshow thatourstochasticmodelandtraditionalM arkovchain modelsareessentiallyconsistentandref