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实验一；生物信息学数据库和软件的搜索 专业：学号：30 姓名：宸 一：搜索生物信息学数据库或软件 （1）1：NCBI 美国国家生物技术信息中心/ 2：NCBI 美国国家生物技术信息中心，National Center for Biotechnology InformationNCBI管理着GenBank、UniGene、dbSNP等数据库，提供Entrez、BLAST等数据库检索工具所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问.欧洲生物信息学研究所http://www.ebi.ac.uk/ 2：EBI，欧洲生物信息学研究所，European Bioinformatics Institute1994年成立于英国剑桥，其前身为位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息部门。EBI 接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网（EMBnet）的一个特别节点欧洲分子生物学信息网网址：/EMBnet, 欧洲分子生物学信息网建立于1988年，在荷兰注册。中国在1996年加入其成员国，EMBnet的中国节点设在北京大学生物信息中心PKUCBI日本国立遗传学研究所网址：http://www.ddbj.nig.ac.jpNIG 日本国立遗传学研究所，National Institute of Genetics维护和管理日本DNA数据库DDBJ。该数据库首先反映日本产生的数据，同EMBL、GenBank有合作关系中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站 网址 2：BioSino 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站它的主要任务是维护我国的核酸序列公共数据库，提供包括各种链接的生物学导航信息，含中英文本。北京大学生物信息中心网址：CBI 或PKUCBI，北京大学生物信息中心CBI成立于1997年3月，它是EMBnet的中国节点，也是亚太生物信息网APBionet的中国节点。从PKUCBI可以直接进入EMBnet的主页和若干个重要的生物信息数据库的镜像数据库GenBank 数据库/genbank 2：GenBank 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一GenBank是NIH遗传序列数据库，它收集了可以公开获得的DNA序列和注释。该数据库的容量以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。目前拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。GenBank核酸序列数据库涵盖了从完整基因组到单个基因等序列数据及部分注释信息，称一次数据库。此外，还有些更有针对性的基因组资源，或称专用数据库。这些专用数据库既包括了上述一次数据库的部分数据，也包括从其它数据库资源获得的信息或交叉链接。这种专门数据库主要分为两大类，一类是模式生物基因组数据库，另一类则与特殊的测序技术有关。这类数据库尽管也包含序列数据，但它们的特色主要是为某一特定的模式生物提供一个完整的数据资源，如酵母（Saccharomyces cerevisiae）、线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophila melanogaster）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）、幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）等。这些数据库从各个不同层次上搜集整理有关信息，以便对某个模式生物全基因组有一个更加完整的了解。EMBL 数据库http://www.ebi.ac.uk/embl/ 2：EMBL Database 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护 PIR 网址 ：/pirwww/ 2: PIR维护者为美国华盛顿的全国生物医学研究基金（NBRF）、德国马普学会的慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）和日本国际蛋白质序列数据库（JIPID）。PIR数据库包含所有序列已知的自然界中野生型蛋白质的信息，该数据库的主要目的是提供按同源性和分类学组织的综合的、非冗余的数据库。每周更新，每季度发行新版。内容分为四级，即：PIR1（完全分类清楚）；PIR2（已检查和分类）；PIR3（未检查）；PIR4（未解码翻译）。