不同鸡种GARS-AIRS-GART基因21号外显子单核苷酸序列多态性分析.pdfVIP

Ⅱ．家禽遗传育种 显子单核苷酸序列多态性分析‘ 龚琳琳”常国斌周 琼 廖菁 王存波 陈国宏”’ (扬州大学动物科学-9技术学院，扬州225009) 的21号外显子进行SNPs检测。结果发现4个核苷酸多态位点，均为非同义突变，分别为G40A、 率较高，其基因型与其他2个鸡种之间都存在着极显著的差异(P0．01)，表明我国地方鸡种和外 来鸡种在遗传组成上存在着差异。 关键词：鸡；GARS—AIRS．GART基因；21号外显子；单核苷酸多态性 GABS-AIRS·GART基因是编码肌苷酸…(Inosineacid，IMP)从头合成过程中的三 monophosphate J。鸡的GABS-AIRS- 转甲基酶(GART)，分别催化IMP从头合成过程中的第二、第三和第五步反应L2 外显子中存在C—+T突变。由此可见，2l号外显子是影响肌肉中IMP含量的关键基因，本研究在前人 的基础上，以3个鸡种(安卡鸡、文昌鸡和如皋草鸡)为素材，探讨2l号外显子SNPs在更多群体 中的分布规律，期望在分子水平上了解我国地方鸡种优良肉质——鲜味的机理，展开成熟的标记筛选 与应用，为以后深人开展肉品质的开发利用奠定坚实的理论基础。 1材料与方法 1．1试验材料 从扬州翔龙禽业发展有限公司饲养的鸡群中随机抽取12周龄的安卡鸡(39只公鸡，39只母 ·基金项目：现代农业技术体系(肉鸡)项目资助，江苏省农林科技支撑计划资助(BE2008359) ．．·通讯作者：陈国宏(1963一)，男，教授，动物遗传育种。E—mliJl：$hchen@yzu．edu．cn 81 中国家禽科学研究进展 0．5mL，肝素钠抗凝，加5mL裂解液，用酚一氯仿抽提法提取基因组DNA，溶于TE中4。C冷藏备用。 为说明方便下文中安卡鸡、文昌鸡、如皋草鸡、泰和乌骨鸡、藏鸡、白耳鸡、萧山鸡分别用AK、 WC、RG、7rW、7_J、BE、XS表示。 1．2引物设计 按照参考文献心1中的引物序列，设计了退火温度及镁离子浓度。引物序列为G21：正向：5’CT- CATCn℃CAACCGCACAA 3’，反向：5’TCAATGGACGCAClTrCAGC3’。由上海生工生物工程技术服务 有限公司合成。 1．3 PCR-SSCP分析 dNTP 扩增反应总体积为20pbL，包括：10×buffer缓冲液2灿，20mmol／mL0．4p．L，25mmol／mL MgCl21．2灿，5U／ixLTaq 环；最后72℃延伸10min；4。C保存。扩增产物先经琼脂糖电泳检测，在进行SSCP。取扩增产物加 10p。LLoading 配成10％的聚丙烯酰胺凝胶。先以250V电压电泳5min，然后将电压调至120V，电泳8～12h。 1．4多态片段的序列测定 根据PCR．SSCP分析结果，选取纯合子PCR产物送至上海生工生物工程技术服务有限公司进行双 向测序。 1．5统计分析 对测得的基因型进行计数，分别统计基因频率和基因型频率。DNA序列经DNASTAR软件包编 辑，正反链核对后与原始序列进行比对分析，寻找SNP位点。计算各种基因型个体在不同品种的分 布，进行独立性检验。 2结果 2．1外显子21的电泳结果 BD型、CC型、DD型和EE型。每种类型取一个个体的PCR产物，经回收、纯化后，由上海生物工 程技术服务有限公司进行双向测序。结果发现，存在4个SNPs位点，分别为：G40A、G96A、 C109T、CA5A。其中从型与GenBank上公布的一致。 基因2l号外显子的基因型和基因频率及适合性检验结果见表1。安卡鸡、文昌鸡、如皋草鸡均处于 可见，文昌鸡和如皋草鸡的5种等位基因频率的排序相似：A等位基因的频率最高，其次是B、c， 而D、E的频率很低或者为0；安卡鸡的5种等位基因的频率