基于药物数据报道数据库的虚拟组合片段库构建.pdfVIP

中国科学B辑：化学 2007年第37卷第3期：288～294 《中国科学杂志社 http：ffwww．scichina．com SCIENCEINCHINAPRESS 基于药物数据报道数据库的虚拟组合片段库构建 张珉盛春泉徐辉 宋云龙张万年4 (第二军医大学药学院，上海200433) 摘要 对药物数据报道数据库中142553个药物分子进行统计分析，提取得到了这些药物分子 的共同结构特征．根据药物分子的结构特征将其拆分为环结构、侧链和连接子，共整理得到 物设计，利用拆分片段构建了三个虚拟组合片段数据库：用环结构和侧链组合方式构建了药效基 团库，含有34244个片段；用环结构的刚性特点构建了基本骨架库，含有片段13574个；直接利用 连接子构建了连接片段库，含有连接片段8051个．库中所有片段都经过能量优化，均具有合理的 构型和构象，可以用于虚拟组合库的构建和全新药物设计． 关键词 药物设计 片段分子数据库统计分析药物分子 物应该具有的属性指标，广泛应用于化合物的早期 1 引言 筛选中．此外随着人们对化合物ADME／T性质(吸收、 在过去的十年里，人们已经注意到通过对现有 分布、代谢、排泄和毒性)的重要性认识不断提升，有 药物或生物活性化合物的分子信息进行数据挖掘来 关化合物这类性质的预测也成为人们研究的重 发现在药物分子上普遍存在的结构特征或属性规律， 点【2~8】．另一方面，利用各种结构描述符或拓扑结构 用于指导先导化合物的设计和新结构类型药物的开 信息来寻找药物的共同结构特征，并依据这些结构 发．这些结构特征和属性规律能够用于制定药物筛 特征对已有化合物进行活性预测、结构改造以及全 选规则，对分子数据库实现类药性的快速筛选，以提 高虚拟高通量筛选的效率和降低时间周期．同时借 刭910】、药物的相似性分析【11】、生物电子等排体的研 鉴这些规律和特征，药物化学家利用组合化学或全 新药物设计等方法进行药物创新设计． 的虚拟组合库设计【l6，。7】以及基于结构的全新药物分 近年来文献报道了许多分子信息数据的分析方 子设计[181．目前，这些分析方法的分子数据主要来源 Data 法，这些分析方法针对已有分子数据库中大量分子 于MDL药物数据报道数据库(MDL Drug Report， 信息进行提取、整理和统计分析，来获得两个方面的 信息．一方面，从已知分子中得到分子的各种物理化 Medicinal Chemical 学参数进行数据统计分析，来预测药物所应具有的 库(Available 或免费分子数据库．这些分子信息数据库中提供了 理化指标．这类方法中最著名的是Lipinski等川提出 的类药5原则，这个原则已经被人们接受作为一个药 研究所需要的分子结构、分子量以及其它理化数据． 收稿日期：2006—01．20；接受日期：2007—02—13 国家863计划(批准号：2002AA233091)和国家自然科学基金重点项目(批准号资助 }联系人，E—mail：zhangwnk@hotmail．corn 万方数据 第3期