蛋白质网络模块化方法及研究.pdfVIP

中文摘要 摘要：本论文旨在提出一种新的蛋白质相似性定义，进而对蛋白质相互作用网络 进行模块化聚类。为了更合理的定义相似性，本文首先获取了多个物种的蛋白质． 蛋白质相互作用数据，分别统计了每个物种蛋白对数在二阶和三阶相互作用路径 数上的分布，并和随机情况作比较。发现二阶相互作用情况下的分布相对随机分 布有明显偏移，而三阶情况下的分布则趋向随机。这说明在蛋白质相互作用网络 中，二阶相互作用具有生物意义，能够体现蛋白之间的相似性，三阶相互作用对 蛋白之间的关系影响不大。根据这个结论，我们提出了一种新的相似性定义，该 相似性中的系数可根据不同模式生物进行调节，使其具有物种针对性。最后我们 根据该相似性的定义，通过模糊聚类方法对酵母蛋白质相互作用网络进行了聚类， 评估结果显示聚类效果好。 关键词：蛋白质相互作用网络；模糊聚类；模块；相似性 分类号：Q6 ABSTRACT anew of f．0r of ABSTRACT．们_lis廿lesisdefillition similarity provides clustering Valid tobett盯 iIlteraction modules．hlorder ne呐orks，and protein—pfotein obtaining defiIlct11e firstobtaintlle interactiondatasetsof simil撕ty，we proteill—pfotein multiple oftlle distributionof interactionnurnbe璐 sped懿，趾dgam盯statistics protein-protein ontllesecond-order锄dtlletllird—orderinteractionm衄lberof it result wi廿l啪d锄case．Theshowsnlatmedis伍butionontllesecond—orderhas shiRrelatiVet0 distributiononmethird—order si鲥fic锄t tlle砌dom．How“er，tlle t饥dStor锄dom．TllisiIldicatest11at吐lesecond—order int11e interactions i芏ltemction咖orkbetterreflectSⅡle of h嬲more s砌larit)r protei】陷，锄d biolo西cal onmis define a：ble amorercason si鲥ficance．B勰edconclusion，we coemci咖sofw11ichcanbe todi丘．ercnt