蛋白质工具Rasmol使用简介.ppt

PDB 文件和 Rasmol PDB File PDB 文件的每一行记录也是80个字符 第一到六列是记录类型标志符 第7到70列存放数据 PDB File ATOM,HETATM Rasmol Windows 鼠标控制 Amino 配色方案 Colour Schemes Select 可选的预设集 * / 3/2/2010 63776个结构 / 对于RasMol来说，它所涉及的PDB文件内容只包括ATOM 和 HETATM记录. ATOM/HETATM records contain standard 原子名，残基名, 肽链标记, 三维坐标, 热动力学参数等信息 96 原子带的电荷 79-80 96 元素符号(右对齐) 77-78 96 Segment Identifier (left-justified) 73-76 92 Footnote number 68-70 all Temperature factor 61-66 all Occupancy 55-60 all Z 坐标 47-54 all Y 坐标 39-46 all X 坐标 31-38 all Code for insertions of residues (i.e. 66A 66B) 27 all 残基的序列号 23-26 all 残基名, 采用 IUPAC 标准格式 18-20 all Alternate location indicator indicated by A, B or C 17 all Atom 名，采用 IUPAC 标准格式 13-16 all Atom序列号 7-11 all ATOM or HETATM 1-6 有两个窗口： 主要的画板窗口X 一个命令行窗口Y x y Ctrl Ctrl-左键 截面 Shift Shift-左键 放大 Shift-Command* Shift-右键 Z轴旋转 Command* 鼠标右键 X, Y平移 Unmodified 鼠标左键 X, Y轴旋转 Macintosh Windows Action RasMol 的尺度 在RASMOL里，分子的尺度，例如距离，半径等，可以有两种坐标表示， ‘RasMol 单位’ 或者标准的”埃” (?). 一个RasMol 单位代表一埃的1/250; 如果RasMol接受的距离数值不带小数点的话，默认它是用的RasMoL单位。 例如, 命令 ‘spacefill 300’ 设定的外接圆的半径为300Rasmol 单位，或者说 1.2 ?. 如果加了小数点，则表示的是埃 例如，命令 ‘spacefill 1.2’ 设定的外接圆半径为 1.2 ?. Background Syntax: background colour Translate 语法: translate x|y|z value Translate x 20 x y Rotate 简单语法: rotate axis value roate y 10 roate x 120 Reset 使画面恢复到初始状态 Zoom zoom value 设置图像大小为缺省的百分比。最小值是10： zoom 200 Ribbon Strand Cartoon 球棍 Stick backbone Space fill Surface 显示氢键 hbonds on|off hbond 40 color hbond green color hbond type Colour Syntax: colour {object} colour color {object} colour 按需要上不同的颜色是做图中最有用的功能之一 当没有写明{object}的时候，命令给选定的原子上色 Object 可以是: atoms bonds backbone ribbons labels dots hbonds ssbonds Alt ------ 按不同构象上色 Amino ------ Chain ------ 每一条链给一种颜色 Charge ------ 按原子带的电荷(红?负，蓝?正) Cpk ------ Group ------ N端到C端颜色渐变从红到蓝 Model ------ 不同