小反刍兽疫病毒F基因生物信息学分析 - 中国种猪信息.docVIP

小反刍兽疫病毒F基因生物信息学分析 邱文英，李刚* （中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京，100193） 摘要：利用生物信息学软件对小反刍兽疫病毒的F基因进行分析。F基因在麻疹病毒属中是高度保守，可以根据F基因序列的遗传性将PPRV分为4个系。 关键词：小反刍兽疫病毒（PPRV）；F基因；进化树； 小反刍兽疫（peste des petites ruminants，PPR）是由小反刍兽疫病毒（peste des petites ruminants virus，PPRV）引起的小反刍动物的一种急性接触性传染性疾病。OIE将该病定为必须上报疾病。该病的临床表现与牛瘟病毒类似，故也称为伪牛瘟（pseudorinderpest），其特征是发病急剧、高热稽留、眼鼻分泌物增加、口腔糜烂、腹泻和肺炎。本病毒主要感染绵羊和山羊[1]。 小反刍兽疫病毒为副黏病毒科（Paramyxoviridae）麻疹病毒属（Morbillivirus）的成员，该病毒与麻疹病毒、犬瘟热病毒、牛瘟病毒等有相似的理化及免疫学特性。小反刍兽疫于1942年在科特迪瓦首次发生。我国周边国家包括孟加拉国、印度、尼泊尔、巴基斯坦、哈萨克斯坦和蒙古等国家先后暴发了大规模PPR疫情，2007年7月我国西藏发生不明山羊疫情，最后确诊为PPR[2]。 小反刍兽疫病毒粒子呈多形性，多为圆形或椭圆形。直径约为130~390nm．但也有报道称其直径在150~700nm之间。而Bourdin和LaurentVautier则认为PPRV多为500nm。病毒颗粒的外层有8.5~14.5 nm厚的囊膜。囊膜上有8~15nin长的纤突。病毒的纤突中只有血凝素(H)蛋白，而没有神经氨酸酶(N)；病毒的核衣壳总长度约为1000nm，呈螺旋对称．螺旋直径约为18nm，螺距在5~6nm，核衣壳缠绕成团[3]。 PPRV基因组是不分节段的单股负链RNA ,RNA链从3′至5′依次是N-P-M-F-H-L 6个基因, 相应的这6个基因编码6种结构蛋白依次为核衣壳蛋白(N)，磷蛋白(P)，膜蛋白(M)融合蛋白(F)，血凝素蛋白(H)和大蛋白(L)，另外，P基因还编码两种非结构蛋白C和V[4]。 PPRV的F基因长2321bp，其ORF编码546个氨基酸，分子量为59.3KDa。F蛋白是组成病毒囊膜表面的一种纤突，是决定病毒感染能否成功的关键因素。F基因包含4个ATG密码子，当F基因以第1个ATG密码子和第4个ATG密码子能作为启动子来翻译F mRNA时,将分别产生长度为556个和546个氨基酸的蛋白。尽管第1个和第4个ATG密码子在相同的阅读框中,但第4个ATG密码子(ATCATGA) 比第1个更适合[5]。 F基因在在麻疹病毒属中高度保守，把PPRV F蛋白的氨基酸序列与麻疹病毒属的其他成员相比，同源性在66. 7% ～75.5%。F蛋白有两个保守区，第1个区是在蛋白的N末端，是一个19个aa的序列，可能是多肽信号序列，对蛋白质穿过粗面内质网并发生易位是必要的，也可能是被肽酶劈开并释放成熟蛋白的位点。第2个区是在F蛋白的C末端，为32个aa序列长(485～517aa) ，并且包括了疏水的锚定膜区( 485～502 aa)。 对PPRV Nigeria 75/1毒株的F基因进行生物信息学分析，使用PSORT在线软件对F蛋白的亚细胞定位进行分析，结果如下： 图1：F蛋白亚细胞定位结果 结果表明，F蛋白主要是定位在细胞的质膜上，这与F蛋白是病毒囊膜表面的一种纤突是一致的。 使用TMHMM在线软件对Nigeria75/1毒株的F蛋白进行跨膜预测，预测结果如下： 图2：F蛋白跨膜结构预测结果 在F蛋白的C端有一长为32个aa(485～517)的结构域，该结构域易发生变异，在该域中包含有一疏水膜锚定序列，跨膜预测结果与此相符[3]。 F基因的5端序列具有病毒特异性，可以根据F基因序列的遗传性而将PPRV毒株分为不同的系。Pronab Dhar等于2002年对亚洲、中东和非洲地区的PPRV毒株，分别设计两套不同的引物对F基因的部分序列进行扩增。一套引物为：F1-5’ATCACAGTGTTAAAGCCTGTA- GAGG，F2-5’GAGACTGAGTTTGTGACCTACAAGC，扩增片段为372bp；另一套引物为：F1b-5’AGTACAAA- AGATTGCTGATCACAGT，F2b-5’GGGTCTCGAAGGCTAGGCCCGA- ATA，扩增片段为450bp。使用PHYLIP、DNADIST和FITCH软件构建PPRV分子进化树分析，结果如图1。结果表明从遗传演化上可以分为4个系，Ⅰ系主要流行于西非地区，Ⅱ系主要流行于尼日利亚、喀麦隆等北部非洲，III系主要流行于东非地区，Ⅳ系主要流行于中东和西亚地区[6]。