在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法.docVIP

在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法 曾经也是费了好的精力, 研究出了在NAMD中用Amber力场的方法. 呵呵，想起来也过去有些时候了，应winner_dk??兄弟的要求， 我把这一过程在这里原原本本的呈献给大家，希望做过的朋友给挑挑毛病，正在做的朋友参考一下，准备做朋友借鉴一下，不会做的朋友学习一下，我也就不算白费功夫了！本贴不要钱，不设权限！好，废话少说，教程开始：我的实验条件：前端机 （自己的烂PC...巨烂，512的内存）XP系统， Cluster（46-cpu）Linux系统，提交作业用小企鹅，NAMD2.6, Amber 8实验对象：咱们在这里用HIV-1整合酶来说明操作过程1. 用Amber的tleap/xleap去生成top和 crd文件， 这两个文件的地位相当于我们在NAMD中熟悉的psf和pdb，所以呢，在计算之前一定要确保它们的正确性！否则后面的一切都是瞎扯！关于leap的使用请大家去自行研究AMber的手册。在这里只有一点提醒大家注意，Amber力场和Charmm对于原子的命名原则不同，所以最好不要用Charmm处理过的pdb去生成top/crd，否则是自讨苦吃，老手还好，新手可能搞好几天也过不去，决不是危言耸听。2. 结构优化，本来有两步的， 我只贴出第一步带约束的，第二步大家自己改吧。 咱们看配置文件吧， 以下的都是我的配置文件，久经考验，肯定能用，大家直接拿去贴到文件中就能用了，有一点说一下，我这文件中很多注释文不对题，我懒得改了，大家以鉴赏的眼光去看吧。############################################################### 结构优化? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?################################################################ this simulation do a 3 steps minimization#step1 fix all non-water,minimize water############################################################### ADJUSTABLE PARAMETERS? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???###############################################################amber? ?? ?? ?? ???onparmfile? ?? ?? ? ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.topambercoor? ?? ?? ?./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.crd? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???看这里，这里要改成Amber的参数啊outputName? ?? ???../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_min_1set temperature? ? 300firsttimestep? ?? ?0############################################################### SIMULATION PARAMETERS? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ???################################################################ Input#paraTypeCharmm? ???on#parameters? ?? ?? ? ../pars/par_all27_prot_na.inp # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you? ?? ?? ?? ?? ?? ?? ? ? ?? ? 把Charmm的部分注释掉，或者干脆不写# have also specified a .vel restart file!temperature? ?? ?? ?$temperature# Periodic Boundary conditions??precise values 82.4379997253 57.8550033569 69.1809976101,however well set the box a little bit bigger than it.# NOTE: Do not set the periodic