代谢性心血管病变-生物信息学的应用.pdfVIP

生理科学进展２０１２年第４３卷第５期 ·３６１· 代谢性心血管病变生物信息学的应用 崔庆华 （北京大学医学部 分子心血管学教育部重点实验室 心血管生物信息学研究室，北京１００１９１） 摘要　随着高通量生物学技术在生物医学研究中的广泛应用，生物信息学在生物医学研究中的应 用也越来越广泛。在代谢性心血管病变研究中，从ＤＮＡ到ＲＮＡ，从蛋白质到小分子，再到系统水 平，都能找到生物信息学成功应用的证据。本章将简要介绍ＤＮＡ、ＲＮＡ、蛋白质、药物、生物网络等 各层面具有代表性的生物信息学方法和工具在代谢性心血管病变研究中的应用。 关键词　生物信息学；系统生物学；高通量生物技术 中图分类号　Ｒ５４１．８ 　　生物信息学（ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）是结合了数学、计 数据增长迅猛，一个很常见的科学问题是比较两个 算机、生物学和医学的交叉学科，旨在利用信息学的 或多个序列的相似度。序列比对的理论基础是进化 方法和技术进行生物学数据的获取、处理、存储、发 学说，如果两个序列之间的相似性足够高，那么两者 布、分析与解释等操作，是“信息的／计算的”生物 在起源上可能较接近，进而两者可能具有诸多相似 学。从以上描述来看，生物信息学的范畴很“大”， 的性质，比如功能、表达、参与的生命过程和疾病。 很“广”。而实际上，生物信息学的兴起乃至这个名 通过多条序列的比对，可以发现保守序列和功能 称的形成都是近年基因组、蛋白质组、代谢组、转录 区域。 组、分子相互作用组等高通量分子生物学实验技术 序列比对是最经常使用的生物信息学方法，所 ［１］ 的快速发展直接催生出的。因此，一般而言，生物信 以毫不奇怪，其代表性工具 ＢＬＡＳＴ （ｂａｓｉｃｌｏｃａｌａ 息学处理的对象指的是对上述分子（ＤＮＡ、ＲＮＡ、蛋 ｌｉｇｎｍｅｎｔｓｅａｒｃｈｔｏｏｌ）是所有生物信息学工具里引用 白质、药物等）水平的生物学数据。 次数最高的。ＢＬＡＳＴ可以比较核酸序列，可以比较 因为生物信息学实验不需要试剂，因此相对于 蛋白质序列，也可以比较核酸序列和蛋白质序列。 传统生物学实验的“湿实验”，生物信息学实验又被 因此，本文在蛋白质水平的生物信息学部分就不再 称为“干实验”。越来越多的证据表明，生物信息学 介绍该工具。在代谢性心血管病变研究中， ＢＬＡＳＴ 已经并正在生物医学研究中发挥着重要作用，在许 也有很多成功的应用。例如，ＮＨＥ（Ｎａ１／Ｈ１ｅｘ 多生命科学问题的研究中扮演着关键角色。同样， ＋ ＋ ｃｈａｎｇｅｒ）基因家族编码胞膜离子交换蛋白ＮａＨ 代谢性心血管病变研究中也活跃着生物信息学的身 交换泵，该蛋白涉及细胞的多种功能，包括调节细胞 影，这其中既有一般性生物信息学方法在代谢性心 内ｐＨ值、细胞体积的控制以及离子转运等，被认为 血管病变研究中的应用，也有一些专门的心血管疾 是高血压和肾病有密切关系的基因。在一项研究 病的生物信息学资源；既有ＤＮＡ水平的生物信息学 中，Ｙｕ等人通过 ＢＬＡＳＴ快速比较了现有数据库中 分析，又有ＲＮＡ、蛋白质以及其他小分子水平的生 人类ＮＨＥ２序列和大鼠ＮＨＥ２序列，从而发现当时 物