南大西洋深海沉积物中可培养放线菌的多样性.pdfVIP

第３３卷　第４期 应 用 海 洋 学 学 报 Ｖｏｌ３３，Ｎｏ４ 　２０１４年１１ 月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｏｃｅａｎｏｇｒａｐｈｙ Ｎｏｖ．，２０１４ 南大西洋深海沉积物中可培养放线菌的多样性 张玉便，张改云 （国家海洋局第三海洋研究所、国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室，福建 厦门３６１００５） 探究了南大西洋深海沉积物中可培养放线菌的多样性，筛选药源活性次级代谢产物产生菌， 摘要： 为后续资源开发奠定基础．采用３种预处理方法及８种选择性培养基对南大西洋３ 个深海沉积物 样品中的放线菌菌株进行选择性分离鉴定；利用兼并引物扩增法，选取代表菌株进行聚酮合酶 （ＰＫＳ 、ＰＫＳ ）基因和非核糖体多肽合成酶（ＮＲＰＳ）基因的检测；以４ 株细菌为指示菌检测代表 Ⅰ Ⅱ 菌株的抑菌活性．共分离得到１３２株放线菌纯菌株，分布于放线菌亚纲的６ 个目、１３ 个科、１９ 个属 中，其中有５ 个属为较新或较稀有种属，有２株为潜在新种．３４ 株化合物合成基因检测菌中ＰＫＳ Ⅰ 基因、ＰＫＳ 基因呈阳性的比率均为１７．６４％，ＮＲＰＳ基因呈阳性的则为５２．９４％．抗枯草芽孢杆菌 Ⅱ （Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）和抗副溶血性弧菌（Ｖｉｂｒｉｏｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）的菌株分别有４７．０６％和７．８２％．南 大西洋深海沉积物中放线菌资源丰富，存在较多潜在新分类单元，筛选到的活性菌株可用于后续 药源活性次级代谢产物的分离． 海洋生物学；放线菌；深海；多样性；功能基因 关键词： ＤＯＩ：１０．３９６９／Ｊ．ＩＳＳＮ．２０９５４９７２．２０１４．０４．００８ 中图分类号：Ｐ７３５ 文献标识码：Ａ 文章编号：２０９５４９７２ （２０１４）０４０５０８０８ 　　众所周知，放线菌以其能产生丰富的活性次级 ［１］ １　材料和方法 代谢产物而被誉为最有经济价值的原核生物 ．自 放线菌素的发现以来，已知的放线菌产生的活性物 １１　材料 质有１０ ０００ 多种，占总的活性微生物次级代谢产物 １．１．１　样品来源　本实验所用３个样品是２０１１ 年 ［２］ ４ ～５ 月间由大洋一号科考人员采集，均为南大西洋 的４５％ ，其代谢产物包括抗生素、酶及酶抑制剂、 ［３４］ 深海沉积物，内含部分矿物质及生物钙质．３ 个样品 免疫调节剂以及植物生长促进剂等 ．海洋生态 系统与陆地生态系统极其不同，由于生物的适应 分别为Ｓ１（１５．１６５６°Ｓ，１３．３５６４°Ｗ，水深２ ８７５ ｍ）， 性，海洋放线菌与陆生放线菌相比可能表现不同的 Ｓ２（１９．５７３６°Ｓ，１１．９７７５°Ｗ，水深２ ６９９ ｍ）以及 Ｓ３ 特性，从而可能产生不同类型的活性物质［５６］．随着 （１９．４９７５°Ｓ，１１．９８０２°Ｗ，水深２ ６４１ ｍ），样品采集 陆生放线菌的广泛探究，陆生放线菌中发现新菌 后４ ℃存放． ［７］ １．１．２　主要试剂和仪器　获取菌株基因组ＤＮＡ所 种、新抗生素的机率大大降低 ，开发尚浅的海洋 放线菌逐渐成为焦点．据查询，目前对南大西洋深 用溶菌酶、蛋白酶Ｋ等购自上海生工生物工程技术 海放线菌的研究还比较少，本文试图从南大西洋深 服务有限公司，ＰＣＲ扩增所用ｄＮＴＰ Ｍｉｘｔｕｒｅ、ｒＴａｑ酶 海沉积物中分离获得可培养放线菌菌株，并对其进 及琼脂糖凝胶电泳所用 ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ等购自宝生物 行活性筛选及聚酮合酶和非核糖体多肽类化合物