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核酸序列分析 核酸序列分析 1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。在同时检索多条序列时，可通过罗逻辑关系式按照GenBank接受号进行批量检索。如用“AF113671 [ac] OR AF113672 [ac]”可同时检索这两条序列。其中“[ac]”是序列接受号的描述字段。2、核酸序列的基本分析（1）分子质量、碱基组成、碱基分布分子质量、碱基组成、碱基分布可通过一些常用软件等直接获得。如:BioEdit（/BioEdit/bioedit.html），DNAMAN（）。（2）序列变换进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。这些用DNAMAN软件可很容易实现，这些功能集中在Sequence→Display，从中可选择不同的序列变换方式对当前通道的序列进行转换。（3）限制性酶切分析该方面最好的资源是限制酶数据库（Restriction Enzyme Database，REBASE）。REBASE数据库（，/rebase）中含有限制酶的所有信息，包括甲基化酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性、酶的商业来源及公开发表的和未发表的参考文献。其它资源还有：WebGene：/~tjyin/WebGene/RE.html，/personal/tyin.htmlWebCutter2：http://www//firstmarkert/firstmarket/cutter/cut2.html同时，很多软件也能够识别REBASE限制酶数据库。强烈推荐使用集成化的软件如BioEdit和DNAMAN等。所得出的结果给出指定DNA序列的酶切位点信息，为克隆鉴定和亚克隆提供了重要信息。在实际进行分子生物学实验中，有时需要对多条相关序列（如发生突变的一批序列）同时进行酶切分析，以便为后续的克隆鉴定提供参考。此时DNAMAN软件是一个良好的选择。在对所有序列进行多重对齐后，其输出项“Output”中即有“Restriction Analysis”选项，执行后即可完成对所有参与对齐序列的酶切分析，能够得到所有序列的差异酶切图谱和一致酶切图谱。（4）克隆测序分析得到测序结果后，需要对所测序列进行后续分析，其中主要包括对测序峰图的查看和载体序列的去除等过程。a. 测序峰图的查看最简单的程序是澳大利亚的Conor McCarthy（.au./~conor/）开发的Chromas.exe程序，但该程序不支持Windows 95以上的长文件名。其实，集成化的软件如BioEdit和DNAMAN也具有此功能。b. 载体序列的去除许多数据库中收集了常用的测序载体序列，如：vector-ig: /repository/vector-ig? ?? ???/repository/vectorUniVec数据库: /VecScreen/VecScreen.html? ?? ?? ?? ???/blast/db/vector.ZVectorDB: /vectordb/如果用户面对的是大批量序列的分析任务，则需要将这些载体数据库下载后进行分析。使用Blast程序（/VecScreen/VecScreen.html）对此类数据库进行相似性分析即可得知目的序列中是否含有载体序列。如果是，那么在对测序列数据进行进一步分析之前必须将载体序列去除。此过程虽然简单，在核酸序列数据库中仍有一些序列含有载体序列的污染。美国基因编码公司（Gene Codes Corp/）所开发的SequencherTM软件在识别载体序列方面具有很强的功能。SequencherTM软件被多个公司用于测序数据的分析和管理。该分司同时提供该软件的演示版，可通过其网址（/home.html）获得。运行SequencherTM软件后，选择File→Import→Sequences，选择待进行载体序列分析的测序文件。该测序文件可为文本格式的序列文件，也可为测序峰图文件，甚至可将一个目录下的所有的文件一次性输入。编辑载体序列文件，在Name中填写载体名称，在PolyLinker处填写克隆插入位点的两侧序列，中间插入位点用星号（＊）标识。选中待进行载体序列切除的序列图标，选择Sequence→Trim Vector，将得到切除结果。点最上方的Show Bases按钮，将显示具体序列。SequencherTM软件可识别的载体序列文件也可来自VecBase数据库。（5）核酸序列的电子延伸核酸序列的电子延伸的基本过程是：①将待分析的核酸序列（称为种子序列）采用Blast软件搜索GenBank的EST（expressed se