基于聚类统计分析的二维凝胶电泳连配方法的研究.pdfVIP

第 27卷 第 1期 上海交通人学学报 (农业科学版) Vo1．27 nl 2009年2月 JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(AGRICUL~JRALSCIEN(F Feb．2oo9 文章编号：1671—9964(2oo9)ol—OO66—06 基于聚类统计分析的二维凝胶电泳连配方法的研究 严君挺，刘战民，尹京苑 (上海大学 生命科学学院，上海 200444) 摘 要：二维凝胶电泳实验产生的二维凝胶图片包含几百到上千个蛋白质电泳点，蕴含了丰富的生物学信息，需要借助相应的 软件进行分析解读才能为,4tl所用。而凝胶图片之间点的连配的精确度直接影响软件分析的结果和后续对二维凝胶图片所蕴 含信息的正确解读。本文采用聚类和统计方法研究凝胶图像之间点的连配。与经典软件分析结果相比，本研究纠正了70．8％的 连配错误．增加了21．2％的缺失连配信息，显著改善了连配分析结果。 关键词：聚类方法：二维凝胶电泳；连配；生物信息学 中图分类号：Q348 文献标识码：A Gel—t0一GelM atchingofTwo-dimensional GelElectr0ph0resisImagesBasedon ClusteringandStatisticalAnalysis YANJun—ting,LIUZhan—min,YlNJing-yuan (SchoolofLifoSciences，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，China) Abstract：A singletwo—dimensionalgeleleetrophoresis(2D-GE)gelcontainshundredstothousandsofproteinspots．Properdata miningsoftwareisrequiredtoanalyzepotentialbioinformationfrom theexperiments． Precisioningel—to—gelmatchingdirectlyde— terminesthequalityofresultsobtained，and influencesthefollowingbiologicalanalysissignificantly．Analgorithm isdevelopedfor gel—to—gelmatchingusingclusteringandstatisticalmethodinthispaper．Comparedwithhteresultfrom theclassicalanalysissoft— ware．70．8％ ofthemistakesarecorrected。and21．2％ ofadditional spotchainsareofundhere．Ourmethodimprovedtheresults significantly． Keywor~ ：clusteringmethod；two-dimensionalgelelectrophoresis；gel-to-gelmatching；bioinformaties 二维凝胶 电泳技术 ftwo—dimensionalgelelec— 研究工作改进了这些软件 的分析算法 ．使得分析准 trophoresis，2D—GE)是根据蛋 白质分子量和等 电点 确度有了较大提高 01。但是在针对步骤二算法的改 这两个特性进行的高通量的蛋 白质分离技术，在蛋 进中．目前的研究工作只是考虑如何以某一张胶片 白组研究中发挥了重要作用IlJ。它需要专 门的计算 为参考标准进行正确地匹配，因此当达到较高精度 机软件(如Melanie[21和 ImageMaster等)进行分析，分 后就会遇到瓶颈，总体改进效果并不理想。 析过程一般可分为以下 3个步骤 ：(1)蛋白质电泳点 经