植物细胞色素C 家族蛋白的同源聚类分析.pdfVIP

第 8卷 第4期 生 物 信 息 学 Vo1．8 No．4 2010年 12月 ChinaJournalofBioinfcr·matics Dec．，2010 植物细胞色素 C家族蛋白的同源聚类分析 王海波 (曲靖师范学院生物资源与环境科学学院，云南 曲靖 655011) 摘要：利用生物信息学数据库NCBI与EMBL，以截形苜蓿(MedicagotruncatulaL．)为基准，获得 了一系列植物细胞色素C家族 的成员蛋 白，并对其进行多重序列对比，进而绘制了系统进化树及同源聚类分析。以期为细胞色素C家族蛋 白结构与功能的 研究提供理论依据。 关键词 ：植物；细胞色素c(CytC)；聚类分析 中图分类号：S118 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2mo)一04—334—03 HomologyanalysisforcytochromeC familyfrom differentPlant WANG Hai—bo (QujingNormalUniversity，CollegeofBiologicalresourceandEnvironmentalscience，QujingYunnan655011，China) Abstract：BasedonMedicagotl~ncatulaL．，aseriesofproteinsofplantcytochromeCfamilywereobtainedusingbioinformaticsdata— baseofNCBIandEMBL，sequencest,omologyanalysiswascarried，anddrawnsystematicphyligenetictree，whichwouldprovidetheo— reticalfoundationforstructureandfunctionresearchofeytochromeC family． KeyWords：Plant；CytochromeC；Homologyanalysis 细胞色素 c是线粒体呼吸链 中传递 电子的载 统树 ，即进化树 (Phyligenetictree)，而进化树构建一 体 ，由核基因编码的多肽和线粒体编码的亚铁血红 般步骤如下：①序列相似性检索，常用 NCBI提供 素组成，表面带正电荷 ，松散地结合在富含不饱和脂 Entrez工具。②对所分析的多序列 目标进行排列 肪酸的线粒体内膜外侧心磷脂上，不能 自由通过线 (SequencesAlignment)，最常用 的工具有 ClustalX 粒体外膜…。广泛分布于各种动植物线粒体的内 (Windows版本)与ClustalW(DOS版本)。③构建 膜外侧或微生物的胞膜 中。分子量小 (12kDa～ 进化树，常见构建进化树 的方法有：独立元素法 13kDa)，由于不同种属来源，一般 由103～113个氨 (Discretecharactermethods)，距离依靠法(Distance 基酸组成的一条肽链 ，辅基借卟啉环上 2，4位的乙 methods)，其 中独立元素法 中最大简约性法 (maxi— 烯基与肽链中两个半胱氨酸残基的一SH形成硫醚 mumparsimonymethods，MP)、最大可能性法 (maxi— 键加合到蛋白质分子上 ，含有 18个赖氨酸，属于 mumlikelihoodmethods，MI)的方法、距离依靠法 中 碱性蛋白质 ，等 电点 10．5～10．8。作为电子传递蛋 的权配对法 (UPGMAM)、临位相连法 (neighbor— 白，CtyC参与生物体 中一系列重要 的氧化还原反 joining，NJ)方法是最应用软件较多的，如：BioEdi