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生物医学数据挖掘 上海交通大学医学院 生物医学工程,计算机教研室 2010年 第五章 时间序列分析 第六章 序列分析 一.定义 二.功能 三.方法 第五章 时间序列分析 一.定义 1)时间间隔固定 2)按时间顺序排列 二.功能 1)趋势分析(总体发展趋势) 2)周期性变动 三.方法 1)平滑/拟合(得到趋势曲线) 2)相似性/周期性 第六章 序列分析 一.定义 1.与时间序列相比： 相似 不同 2. 多个事项构成一个事件 同一个事件中的事项不强调先后 第六章 序列分析 二.功能 1.序列模式的发现 基因库中频繁发生的序列(子序列) ? 序列模式 2.序列的比对 找出2条不同序列(子序列)之间的相似性 —— 生物信息学(BioInformation) 第六章 序列分析 三.序列比对 相似性计算 1.BLOSUM45矩阵 数值 相似度 对角线数值 2.评分矩阵 来源于大量实验基础 BLOSUM45,BLOSUM60 ，…… 第六章 序列分析 蛋白质结构： 序列：保持先后次序不同 可以有相对位置的移动 比对原则： 局部有相似, 可移位, 可变换长度, 但不可变换位置的先后关系 比对结果： 评分越高越好 第六章 序列分析 例: A: H E A G A W G H E E B: P A G G A E E 比对原则： 局部有相似, 可移位, 可变换长度, 但不可变换位置的先后关系 比对结果： 评分越高越好 第六章 序列分析 一: A: H E A G - A W G H E E B: P - A G G A - - - E E -2 -8 5 7 -8 5 -8 -8 -8 6 6 二: A: H E A G A W G H E E B: P - A G - - G A E E -2 -8 5 7 -8 -8 7 -2 6 6 三: A: H E A G A W G H E E B: - P A G - - G A E E -8 0 5 7 -8 -8 7 -2 6 6 第六章 序列分析 所谓序列比对： 1）通过位点插入，使得二者间相似度最高 2）不改变的是序列中的排列顺序 3）缺点：序列较长时，穷尽算法不可行 cy.yjsh@ 氨基酸出现的概率 = -13 = 3 = 5 ? cy.yjsh@