CoMFA网格点的生成和选取对结果影响的研究.pdfVIP

床)，其阃度过了漫长的15年。其原因主要是SOD的安全性同曩，因为}≈们申报的是动物直ScID， 是一种异源蛋白(有免疫原性)因此作为药用酶其耐受性是应用中撮为亨：注的同量．尽管大量多；譬 表明，SOD的毒副作用很小，但作为抗原多次注射仍有诱发免疫反应的j可能．解决这个闯囊，皱有 效的方法是搞重组人SOD的研究，因此我们用克隆的人SOD基因在大局杆蕾中获得膏表达，井已 达到5L发酵水平。通常SOD的分离纯化采用热变性、有机溶jf4、重金剧沉淀、赢酸饺沉淀、膏二j=交 换色谱和凝胶过滤等方法，纯化倍数和活力回收率都较低．固定化金属I}合亲和层析法提供了一个 新的纯化方法。我们用自制的紊和色谱柱载俸分离纯化SOD，具有方法商便、价格低和收事膏的优 点，可为我们提供大量安全又廉价的SOD制品，元可置疑，基因工程SOD的研究与应用，具有广栩 的直用前景。 r 。、…· } f《V一 ．! ’。 1． ，， C．…oM—FA周蹩点的生成及遥娶对结果爱卿的研究 朱杰 张万年 周有骏 季海涛 刘晓玲 朱驹 (上海200433第二军医大学药学院药化教研室) 计算机和分子图形学技术的不断进步，使得以考虑生物活性分子与；受体结合时的三维结构性 广且最为成功。CoMFA的提出主要基于以下两点认识：(1)引起生物学效应的药物一受体问的相 互作用多是非共价性的；(2)仅考察药物一受体结合时的静电和立体效应的分子力场(静电场和立 体场)即可准确反映出大量的分子性质。其具体实施步骤如下：首先确：芷药物分子的生物括性(药 效)构象。再依据合理的匹配规则将空间取向一致的化合物叠舍．计算机将按照分子的笛卡尔生||皇标 自动生成一个可包容所有化合物且与最外围原子至少保持4A距离的瘫：形盒子(re,on)，然后按一 (缺省勾带单位正电荷的SP3杂化碳原子)置于每个网格点上计算分孑外周的立体作用能与静电 作用能。由于网格点数目众多，自变量数目远大于因变量数，故CoMFA只能选用PLS方法对变量 ’ 与活性间关系进行统计处理，以交互较验得出的相关系数Q。(R；)作为衢量CoMFA模型璜测能力 的标准，模挺用三维图形表示． 善 由CoMFA原理可见其正是通过大量的网格点(每个网格点代表静电和立体作用能两个变量) 来描述化台物的分子力场从而关联活性并拟合方程的．但是在空同中逃择哪些点和多少点来描述 是具有一定的随机性。从理论上讲．变化网格点的位置和数目会因改变：7对化台物分子力扬的模拟 从而对CoMFA结果产生影响。为证明该想法本文用三种不同的步长对■用COMFA方法研究过 的喜树碱类化台物进行了系统的网格点平移研究．此外对如何选取合适的量小列滤过值以加快 PLS分析速度也作了相应的探讨。 1材料与方法 选取本实验室中运用常规CoMFA方法研究过的30个喜树碱类化台物采用SYBYL6．2软件 包在SGIIndi902R4400图形工作站上对上述问题进行了较系统的研究．为方便比较，对诫类化台 160 物的构建．优化及叠合规列均沿用以前的方法和结果． 1．1 设为2)，对Q2值及相应最优组份鼓(ONC)的分布情况进行统计，结果见表1、表2和表3· of n·Resultof of size=2A) Table1 Number0fOccurrencesDifferentQ Systemlflle-·恤IGrid(step 7rhe numberol op6mai componemw 1．2 中仅有少数能提供有价值的信息，而对于大多数，如处在region边缘及亿合物结构一致(无取代) 最小列滤过值来帮助PLS对数目众