神经介素B受体与拮抗剂、激动剂的分子模拟研究.pdfVIP

2008年第 66卷 化 学 学 报 Vo1．66，2008 第 2O期，2271~2278 ACTA CH1M ICASINICA No．20，2271~ 2278 研究论文 神经介素 B受体与拮抗剂、激动剂的分子模拟研究 金 莲 刘 鑫 王 锐 董守良 (兰州大学 生命科学学院生物化学与分子生物学研究所 兰州 730000) (兰州大学 功能有机分子化学国家重点实验室 兰州 730000) 摘要 大鼠神经介素B受体(ratneuromedinBreceptor，rNMBR)属于G蛋白偶联受体 (G—proteincoupledreceptor，GPCR) A家族的成员．GPCR的结构特征和在信号传导中的重要作用决定了其可以作为很好的药物靶标．关于rNMBR与内源 性激动剂神经介素B(neuromedinB，NMB)以及与非肽类拮抗剂pd168368作用机制的研究对于合理设计受体药物分子 有重要的指导意义．在这一研究中，我们使用同源模建，构建受体的三维结构，进行分子对接和分子动力学的计算．基 于受体三维结构，通过 10ns的空载受体、激动剂一受体、拮抗剂一受体的分子动力学模拟，探讨受体与激动剂与拮抗剂 的作用机制．研究表明rNMB—R中跨膜(transmembrane，TM)螺旋3，5，6，7参与配体的结合．NMB与受体的结合，使受体 转变为活性构象，而受体同拮抗剂pd168368恰好相反． 关键词 神经介素B受体；G一蛋白偶联受体；同源模建；分子动力学模拟；分子对接 MolecularModelingStudyonNeuromedinBReceptorwithAgonist andAntagonist JIN，Lian。 LIU，Xin“ W ANG，Rui， DONG，Shou—Liang术， aInstituteofBiochemistryandMolecularBiology，SchooloilifeSciences，Lanzhou730000) (StateKeyLaboratoryandAppliedOrganicChemistry，LanzhouUniversity，Lanzhou730000) Abstract RatneuromedinBreceptor(rNMBR)belongstothefamilyA ofG—proteincoupledreceptor (GPCR)．TheuniquestructureandimportantroleinthesignalingtransductionofGPCRmakethem very usefulfordurgtargets．SounderstandingtheregulationmechanismsofrNMBRbyitsagonistsandantago— nistsattheatomiclevelisessentialforreasonablydesigningrNMBR antagonistsasdurgcandidatesofr treatingNM B—mediateddiseases．A 3D modelofrNM BRwasconsturctedbyhomologymodeling．andthen moleculardockingandmoleculardynamics(MD)simulationswerecarriedout．Basedonthe3Dsturcture， regulationmechanismsofrNMBRbyagonistsandantagonistswereinvestigatedviathree10nsMD simula— tionsonthesystemsofapo-rNMBR．rNMBR—NMBandrNMBR—pd168368．I