沙门氏菌感染后猪肠系膜淋巴结的基因调控网络重建和分析.pdfVIP

；竺： 量三耋尘量兰塞兰兰：兰兰兰兰兰耋兰耋竺量茎 沙门氏菌感染后猪肠系膜淋巴结的 基因调控网络重建与分析 朱猛进，刘向东，赵明，曹建华，李新云．李小平，李长春，赵书红’ 华中农业大学农业动特遗传育种与繁殖教育部重点实验室，湖北武汉430070 引盲 猪抄门氏茁病(＆I～cIIom)屉由曲门氏茵引起的种危害仔猪生产的传染病。廿门氏茵是导致^粪缅菌性☆柳 苗感染后猪病灶器官巾免疫相羔摹目的诲控阿络，将有助f从免疫组水平理解抄门氏茁病的分子病理机制，其结粜可 为猪的抗病性研究积累有价值的参考资料，亦可为人凳抄门氏苗病的研究提供重要的Ⅸ学模型。 材料与方法 K 本研究所用AffymeHix芯片教据由美国Chds”pherTu舀e教 授提供。该数据测定样奉来自15头(5组x3重复)七周龄仔猪的肠幕 h 24 膜淋B结组织，取样时间点分别为猪霍乱抄门氏菌感染后0h,8 h、48h和21 d。奉研究的分析工作主要由R语言及Bioconductor包完 成。 结果对^B计，eudx苍片∞201个对应有转录车的探针组进行注释．筛 囊 选到1395十免疫相关基因的转录车(共842个基因)，经一5caUs检测 发现其中1199个在月标组织中表达。用基于时序的互信息平方阵构建 基闲调控网络，根据P值、q值和If值，最后得到145个有效免疫基因 构成的调控同培(见图1)。同培参散估计发现，网络密度为002．中心性 蘸 分数为473，平均中介丹数为521，平均紧密度为0007，平均模块化值 A免疰t目∞■*日；B免碴基口日％ 为0．48，平均Bun‘s约束分数为0．77。在17个集线器基因(hubgene)目1 巾+多散是E暂具有多重调节功能的基目，涉厦转录因子、擞酵分子和21)Ⅲ，c竟鹰基目pmlt选艚；D女燕基目月 维3DIllo 重要免疫因子，包括CD46、STAT3、zF阿6￡JJP，∞、删麒J、MAP2K2、 NPY等。通过KEGG等数据库往释发现，基闲网络中2／3“上的基目连通Ⅲ得到生物信息分析结果的支持。 讨论与结论 感染基因组学是解析宿主抗性分子基础的重要策略，其中，摹因谓控网络重建是挖掘关键信息的有效手。车研究 表明，免疫基因网珞巾具有最大嘎点度的节点是SV-rPD(表面活性蛋白D)，闻而其介导的局吉B基因网络在沙门氏菌感 橐过程中发挥丁关键的调控作用。SFTPD是钙依就型腔原凝集紊家族中的重要成员．作为肺部重要的天然甜钾分子． 它具有重要的抗病毒作用．与多种疾病的发生有美。奉研究发现，除抗病毒外，SFTpD迁具有重要的抗细菌功能．发挥功 能的部位也不局甩f肺部。在Ⅸ学临床上．外局血SbFPD常作为肺癌是否发生转转的基目标志。如果“猪为K学模!． 根据本研究结果，野珊作为舫系膜淋B结基田调控嚼络中顶点度最大的。超缓”集线器基目，其外周mmPdqA有望成 为鉴定人类抄门氏菌病的基因标志。当然，奉文只是韧步研究。下一步将对基固时塔拓扑结梅的有效性及重要橐线嚣基 因的生静学功能进行验证。 美t翊：猪；挣门氏菌；脑幕膜琳B结；基因调控阿维；参敷估计 鼙谢：国家自然科学基金资助。 +通讯作者。