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2017-08-13 发布于北京
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HIV 整合位点的生物信息学分析.pdf

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第8卷第3期生物信息学 V01．8No．3 201 0年9月 ChinaJoumalofBioinformatics Sep．，2010 HIV整合位点的生物信息学分析孙汉顺”，马文丽1”，高静宇1，孙立哲1，郑文岭”+ (1．上海大学电子生物中心，上海200072；2．南方医科大学摹因工程研究所，广州510515； 3．华南基因组研究中心，广州510800) 摘要：已有研究证明，HIV整合位点的选择，与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系，但是具体的选择机制还不明确。使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法，对HIV整合位点序列进行分析和研究，挖掘HIV整合位点序列之间的关系，探索HIV整合位点的选择规律。通过实验和计算，从HIV整合位点集合中提取出了含有6个特征向量的向量集，该向量集与大部分整合位点的特征向量具有较高的相关性，从而提示了HIV整合位点选择中的规律性，即符合向量集的宿主DNA序列可为HIV的整合位点。研究结果为进一步揭示HIV整合位点的选择机制提供了可供参考的依据。关键词：HIV；整合位点；选择机制；聚类分析；特征提取中图分类号：TP3ql文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2010)一03—194—04 BioinformaticsonHIV sites analysis integration SUN Han—shunl，3，MAWen—lil’2，GAOJing—yul，SUNLi—zhel，ZHENGWen—lin913‘ Research (J．BioelectronicsCenter，Shanghai 200072，Chins； University，Shanghai 2．Institute Medical of＆枷站Engineering，SouthemUniversity，Guangzhou510515，China； 3．so砒GenomicsResearch Center。Guangzhau510800，China) evidence from have thattheselection not Abstract：Great out ofHIV sitesis generatedexperimentspointed integration random，and HIV sitesselectionrelatestohost functionsandchromosome mechanismhas integration genome structures。However，theintegration notbeen as clear．Bioinformatics inthis tools，suchclusteringanalysis，featureextraction，classificationanalysisetc．，wereapplied to theHIV aimstodiscoverthe HIV