DTK和trackvis.docVIP

扩散工具包：为弥散成像数据处理与束成像工具软件包 介绍：已经有各种现有的软件包，可以处理扩散张量成像（DTI）数据以及执行纤维 跟踪和可视化[1][2]。然而，许多人确实有在功能方面的各种问题，缓解使用，速度快，质量可视化和便携性等，在这里，我们提出所谓的扩散工具包（DTK）新的软件包。 DTK是一个完整的软件包，的确重建，纤维跟踪，分析和可视化。它不仅可以处理弥散张量数据，还可以加工高角分辨率扩散成像（HARDI）数据以及扩散光谱成像（DSI）数据和Q球成像数据。 方法和结果：扩散工具包是用C ++编写，使用Qt 4.2（奇趣，）的图形用户界面和可视化工具包5.0（VTK，），用于可视化的一部分。它是独立的，跨平台的（适用于所有主流平台，包括Windows XP，Mac OS X和Linux的），快高效。 DTK的主要工作流程包括4个步骤。 （1）拆包程序转换的原始DICOM图像来分析格式和一个特殊的形象定位信息文件。 （2）用给定的梯度表和形象定位信息，重建计划重建扩散图像卷扩散张量图（连同FA，ADC等的地图），在HARDI / DSI / Q球的情况下，对取向分布函数（ODF）的数据。 （3）纤维跟踪程序采用张量或ODF数据并产生将被保存到一个轨道数据全脑纤维轨道文件。 （4）可视化程序，称为TrackVis，读取轨道数据文件和可视化并通过userís操纵分析的曲目。图1显示扩散工具包的主界面。图2显示TrackVis的主界面。主要特点 传播工具包是： 1）处理各种DTI / DSI / Q-球/ HARDI模型，适用于所有主要平台与本机的外观和感觉。 2）简化的工作流程为导向。所有在工作流中的步骤被集成到一个GUI前端。从去原始DICOM图像完全呈现纤维束实际上是一次鼠标点击即可。在同一时间，每步骤是容易用户可调整的，并且可以独立地执行。 3）编写脚本。一套完整的命令行程序可以没有独立的GUI前端执行。因此，它允许用户编写自己的脚本，用于多个数据集的自动处理。 4）轨道转变。光道改造方案可以通过外部的现有注册矩阵图像配准工具，如FLIRT [3]，并映射全脑轨道设置为目标空间。因此，它允许跟踪时间点/主体之间的比较。 5）快速的数据处理。在至强2.66GHz的台式机拥有2GB RAM，完整的脑DTI数据集处理 （128x128x64，2x2x2mm，60梯度方向）需要90秒，而一个DSI数据集（96x96x64，2x2x2mm， 514梯度方向，362分ODF）需要15分钟。 强大的纤维束的可视化和分析。可视化程序，TrackVis，读取的全脑轨道数据（通常?15MB用于高分辨率人类扫描），并允许用户应用多个轨道ìfilters?（音轨选择方法）来选择和显示特定的纤维束。每个参数调整交互的3D应用呈现视图的实时。它为用户提供通过浏览的体验轨道的大海。 TrackVis的特性包括： ?各种轨道过滤器允许用户去探索和找到特定包自如。例如，长度和切片过滤器允许快速浏览全程跟踪的家庭，而可自由移动领域的投资回报率和投资回报率的磁盘（磁盘空间具有一定的角度选择，即只能用纤维某些方向选择）允许快速选择特定的纤维束。免手的ROI允许用户直接从选择纤维感兴趣的解剖位置。布尔运算可以应用到过滤器。 ?多种渲染模式具有可定制scalardriven颜色代码。 ?的轨道数据文件的开放格式允许用户定制的标量数据整合到追踪文件和可视化和分析。 ?轨道和投资回报率的统计分析标量。 ?同步的实时数据集多重分析和显示器，这使得时间点/主题比较。同步分析和显示上相同的数据集也可以在实时执行通过网络远程。 ?实时前期在行参数调整。没有繁琐的弹出对话框。 结论：扩散工具包是一个跨平台的软件包，可以处理各种弥散成像数据类型和生成和可视化 tractographic数据。由于其独特的功能性，易使用性和交互式轨道数据操作的实时能力，则往往弥散成像数据处理和数据tractographic显示和分析的费力的过程变得更加高效。 图1主界面前端扩散工具包 图2（a）TrackVis显示DTI的。概观光纤轨道长度8厘米。 图2（b）TrackVis显示DSI的。该由ROI磁盘定义扣带回定向阈值。