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石斑鱼亚科论文:中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究
【中文摘要】石斑鱼类(groupers)隶属于鲈形目(Perciformes)鮨科(Serranidae)石斑鱼亚科(Epinephelinae),是世界上最重要的海洋经济鱼类之一,种类繁多,广泛分布于热带及亚热带大陆沿岸及岛礁海域,遍布太平洋、印度洋和大西洋。近年来人类活动的不断加剧,海洋环境的污染、生境破坏和过度捕捞等原因,造成石斑鱼类资源日益衰退。石斑鱼类的物种鉴定主要基于体色条纹,体形等形态特征,但由于同一物种幼体和成体外形可能完全不同,部分种类外形相似,条纹体色又易受周围环境变化的影响,因此基于形态持征的石斑鱼类物种鉴定存在很大困难。DNA条形码作为一种快速简便的物种鉴别技术迅速引起了国内外研究者的关注,为此本文测定了中国沿海10属36种106尾石斑鱼类,并从GenBank下载了275条序列,共分析了10属60种381尾样本的COI基因5’端652bp的同源序列,探讨和检验线粒体COI基因在石斑鱼亚科中物种鉴定的有效性,并基于线粒体COI基因652bp序列初步探讨了DNA条形码用于石斑鱼亚科的系统发育分析的可行性。得出如下结论:(1)基于K2P替代模型的统计分析显示,种内平均遗传距离(0.65%...
【英文摘要】The subfamily Epinephelinae (Serranidae:Perciformes) is commonly known as groupers, which is economically important and highly valued marine fishes in the world. These bottom-associated fishes are widely distributed in tropical and subtropical waters in the Pacific, the Indian and the Atlantic Ocean, and most species occur on coral or rocky reefs. In recent years, the number of groupers is sharply decreased due to the human activities such as marine environment pollution, habitat destruction, and overfishin...
【关键词】石斑鱼亚科 DNA条形码 COI基因
【英文关键词】Epinephelinae DNA barcoding COI gene
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【目录】中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究
中文摘要
4-6
Abstract
6-7
目录
8-10
第一章 前言
10-24
1.1 石斑鱼亚科概述
10-13
1.1.1 石斑鱼类生物学特性
10
1.1.2 石斑鱼类的经济价值
10-11
1.1.3 石斑鱼类的传统分类及争议
11-13
1.2 分子系统学综述
13-19
1.2.1 常用分子标记(molecular marker)技术
14-17
1.2.2 分子系统树的构建
17
1.2.3 石斑鱼类的分子系统学及研究进展
17-19
1.3 DNA条形码
19-23
1.3.1 DNA条形码定义
19
1.3.2 DNA条形码技术的发展历史
19-21
1.3.3 DNA条形码原理
21
1.3.4 DNA条形码技术的优势
21
1.3.5 DNA条形码在鱼类分类中的应用
21-23
1.4 本研究目的和意义
23-24
第二章 材料和方法
24-34
2.1 实验材料及来源
24-29
2.2 实验仪器和主要试剂
29-31
2.2.1 实验仪器
29-30
2.2.2 主要试剂
30-31
2.3 实验方法
31-33
2.3.1 DNA提取与检测
31-32
2.3.2 PCR扩增
32-33
2.3.3 PCR产物测序
33
2.4 数据处理
33-34
2.4.1 序列特征分析
33
2.4.2 遗传距离及系统发育分析
33-34
第三章 实验结果与讨论
34-54
3.1 基于COI基因的石斑鱼类DNA条形码研究
34-49
3.1.1 石斑鱼亚科COI条形码序列特征分析
34
3.1.2 石斑鱼亚科COI条形码序列遗传距离分析
34-39
3.1.3 石斑鱼亚科分子系统树构建
39-49
3.2 讨论
49-54
3.2.1 COI基因作为DNA条形码在石斑鱼类鉴定中的有效性分析
49-51
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