一组DNA序列分析的微机程序.pdfVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)12(6)15-181990 一组DNA序列分析的微机程序 杨 子 恒）‘ 甘（肃农业大学畜牧系，兰州，730070) 本文介绍了作者编制的一组用于分析 DNA序列资料的计算机程序。程序用 BASIC语言写成， 在 IBM 微型机上调试运行，包括序列打人、核普酸频率统计、转译及限制酶切位点查找等几部分。 关键词：DNA序列，计算机分析，BASIC程序 随着确定的 DNA序列的数量 的日益增 要打印的序列 ？Ies,垫 加，计算机已经成为整理、分析这些资料必不可 每行打印的核营酸数？60} 开始位点？0--}, 少的工具。过去十年来国外不少人编制了对核 结束位点？0--}, 酸与蛋白质资料进行管理与分析的软件3-〔61，而 单链(I）还是双链(2)?21 在国内这方面的报道尚不多见。为此笔者运用 打印序列 test，从1到 100 10 ． 20 30 BASIC 语言编制了一组核酸序列的分析程序， CCGTAGATTG A.GCTATACCA TTCGAATTAG 在 IBM兼容机上调试运行，希望有助于国内 GGCATCTAAC TCGATATGGT AAGCTTAATC 分子生物学和分子进化领域的研究工作。本文 40 O 50 60 AAGCTGAGGT CAGCTGGTCC CAGCTAATCT 报道单个序列分析的部分。 TTCGACTCCA GTCGACCAeC GTCGATTAGA 本组程序主要包括序列文件输人，序列打 70 80 90 印，单、双或三核营酸频率统计，一般字符串查 TAATCGTCAA ATCCACGAAA GCTTAGATCT 找和限制酶切作图以及转译等几个部分。 ATTAGCAGTT TAGGTGCTTT CGAATCTAGA 100 （一）序列文件的输人 CGCGCCAATA DNA序列的输人可用任何标准字处理软 GCGCGGTTAT 件，也可以按用户给定的核昔酸频率由一个子 图 1序列打印程序的输出结果 程序随机产生。由于BASIC语言中要求字符 串长度不超过 254,所以长的 DNA序列就以 三（）单碱基、双碱基及三碱荃频率统计 240bp的长度分段贮存，以便于将来的分析处 这个程序计算并打印一个序列或其片段中 理，当然最后一个片段可能会短于 240bp。这 的碱基组成、双碱基频率及三碱基频率。双碱 样．可以分析的序列长度就仅受内存的限制。输 基频率用于考察碱基分布的独立性，是将所有 人序列时可以按较短的片段，如4。或60bp输 相邻碱基组合计数来计算的，即长为Z的片段 人，便于查对，然后再将它们连接成 240bp的 中有 Z（一1)个双碱基组合。 三碱基频率，即 标准长度贮存。 可能的密码子使用表可以用于判断一个序列中 二（）打印序列 YangZiheng:ACollectionofMicrocomputerPr- 这个程序以单链或双链的形式