绵羊皮肤UniGene数据库和其功能分析.pdfVIP

绵羊皮肤UniGene数据库及其功能分析 2 3吴江鸿1·3常子丽1’2，武瑞兵1，丽春1，李金泉¨·’ 张文广L 3，张燕军1，高爱琴1 (1．内蒙古农业大学动物科学与医学学院，呼和浩特，010018 2．内蒙古ATCG生物信息研究所，呼和浩特，010020 3．内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室，呼和浩特，010020) 摘要：为了辅助羊毛性状的分子机理研究，以期找到控制羊毛性状的基因，内蒙古农业大学和内蒙古ATCG生物信息 研究所对目前国际上发表的在绵羊皮肤中表达的基因作了系统总结，构建了绵羊皮肤和毛囊相关基因的数据库和透 数据库及其分析工具可以为深入研究毛囊发生的分子机理奠定基础，帮助研究人员开展绵羊皮肤毛囊相关候选基因 的研究与产毛性状QTL的关联分析。 我国是个养羊大国，2005年我国存栏羊总数为3．73亿只，饲养量位居世界第一，其中绵羊17．4 亿只，占总数的46．66％…。近年来，国内外毛纺产品已经向轻薄、柔软、挺括、高档方向发展，世 界羊毛生产及贸易突出的变化是超细型羊毛需求增加。因此，加快超细细毛羊品种选育是世界细毛 羊育种工作的重点。绵羊大多数产毛经济性状都是中度遗传的，长期以来，人们培育了数以百计的 品种和品系。常规育种的遗传进展进展缓慢，一般不足5％。人类基冈组和动物基因组研究的新成果 不断激发广大畜牧科学工作者尝试通过标记辅助选择来提高遗传改良的速度，甚至完全寄希望于分 子育种。因为理论上利用分子育种方法培育品种只需要较少的世代就可以完成，比如2’5代就可育 成一个新品种。虽然家畜的数量性状是由微效多基因和一些效应较大的所谓主效基因共同决定的， 但是人们仍然渴望制成基因诊断试剂盒，期望通过对个别主效基因的选择就可起到准确选择种畜的 效果。虽然这个梦想还有许多理论和实践问题需要解决嵋’，也有在基因组扫描和侯选基因方面的研 究论文不断发表，但是，我们必须清醒地认识到人们还没有找到有效的主效基因用于数量性状的分 子育种¨1。因此，探讨数量性状形成的分子机理成为目前数量性状研究的主流。只有了解了某性状 发生和生长的分子机理，才有可能找到影响性状表现的关键基因，然后才能将其中的关键基因与基 因组扫描相结合，进一步通过群体遗传分析来找到可以用于选择的遗传标记并指导家畜的育种实践。 为了进一步辅助羊毛性状的分子机理研究，以期找到控制羊毛细度的基因位点或者QTL，为细 毛羊的遗传育种提供理论基础，急需对目前国际上发表的有关羊毛性状发生和生长中的相关基因作 一系统总结，从而为基因芯片设计和候选基因筛选提供生物信息学支撑．内蒙古农业大学和内蒙古 ATCG生物信息研究所对不同部位绵羊皮肤表达序列标签的研究揭示了体侧部绵羊毛生长相关的部分 基因H1，该研究结果与国际上已经发表的绵羊皮肤毛囊发育和皮肤cDNA文库的成果相结合，构建了 绵羊皮肤和毛囊相关基冈的数据库和透视分析工具。该数据库和分析工具可以帮助研究人员开展绵 羊皮肤毛囊相关的基因表达与系统生物学网络预测研究。 木通讯作者，李金泉(1957-)，教授，研究方向为，动物遗传育种。电话：0471—4309195。 260 1、数据来源 表达序列标签(expressedseqHencetag，黯T)是一个基因的部分转录片段，通过构建EST文库 可以较大规模地获得基因表逃信息。囡此EST策略是并物种基因组研究的主要方法，广泛应用于基 嗣的预测、表达图谱的构建、芯片及若异袁达的研究”1，但是通过生物学实验方法获取EST费时费 力，不仅受到通量和规模上的限制，更受到特定样本的制约，故难以全面反映相应组织基因表达的 科学家对各纽织及器官、不同生理状态以及不同发育阶段的研究结果．为研究提供了庞大而相对可 靠的数据。NCBI 基因代码、染色体定位等注释信息，为人规模地研究基园表达提供了支持“1。对这些数据库的整理 雨f挖掘，将为毛囊生物学研究带来新思路、新信息”。作者利用8S—EXCELVBA宏程序开发了程序包， 建立了{0用EST构建绵羊皮肤基因表选谱的生物信息学分析工具，并利坩它获得了绵羊皮肤毛囊基 因表达谱。 登陆ECBI 机。登陆8CBI 12 UnlGene数据库(200720)FTPF载绵羊UniGene，保存下本地计算机”1。分析在 肤的各种EsT库中共出现