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福建农林 大学 学报 (自然科学版 ) 第 31卷 第 1期 JournalofFujianAgricultureandForestryUniversity(NaturalScienceEdition) 2002年 3月 PCR—SSCP分析条件的优化 魏太云+林含新+谢联辉 福【建农林大学植物病毒研究所，福建 福州350002) 摘 要 ：聚合酶链式反应及单链构 象多态 性 (PCR~SSCP)技术作为一种 区分检测基 因组之 间微 小差异 的有效方法 ，具有快 速 、简便、灵敏和适用于太样 品量筛选的特点．本研究从变性剂类型、电泳缓冲}夜的离子强度 、交联度 、电泳温度 、甘油浓度 及变性荇哩类型等方面对影响PCR—KSCP的电泳条件进 行分析 ．以期对该方法 的应用提供参考． 关键 词 ：PCR—SSCP{条件优化 中图分类号：$435 文献标识码 A 文章编号：1006—7817(2002)01—0022—04 OptimizationoftheconditionsaffectingPCR—SSCP analysis W EITai—yun，IIN Han xin，XIE L[an—hui (InstituteofplantVirology，Fuji~nAgricultureandForestryUniversity，Fuzhou，Fujian350002-China) Abstract：Po]ymerasechainreaction—single—strandconformationpo[yraorphism (PCR—SSCP)techniqueis methodfeasiblefor detectingminorsequencechangesinPCRamplifiedDNAtwithitscharacterizationofrapidness-simplicity，sensitivityandap— plicabilitytolargescalescreening However，manyfactorscan influencetheresultsofSSCP analysistand itsoptimization is highlyempirica1．Inthispaper，wecomparedandanalyzedtheexperlmenta]resultsundervariouscontrolledconditionssuchas thecoI]cetltrationofcro~q．—linker，theconcentrationofPAG，theconcentrationoftheelectrophoresisbuf％r，thepre~enceof glycerolingelsandtemperatureofthegelduringelectrophoresis．Resultsshowedthatitwascommontorunthesamplesunder atlean tv,,odifferentconditionsbecauseeachfragmentneeded itsownoptimalrunningconditions． Keywords：PCR—SSCP；conditionsoptimization 聚合酶链式反应及单链构象多态性 (polymerasechainreactionsinglestrandconformationpolymor— phism，PCR—SSCP)技术是一种检测 PCR产物微小差异的有效方法．该技术能快速检测出短片段 中单个碱 基的变异+已应用于基因突变的鉴定 、遗传病致病基因分析和基因诊断 ，但很少应用于植物病毒学 中．目 前该技术仍不成熟．在所有报道 中，SSCP分析所用的各种条件各不相同，且存在较大分歧 ，特别是在 电泳 温度及甘油使用方面；同时 ，对进 口的电泳装置和同位素或银染标记的依赖 ，限制其普遍应用 ]．本研究拟 对影响SSCP分析的各种因素进行摸索+并采用北京六一仪器厂 DYY一Ⅲ型 电泳槽进行操作和EB染色+ 使其在技术上更加完善 ，操作上更为简便，更适台一般实验室应用． 1 材料与方法 1．1 水稻条纹病毒 (Ricest~pevirus，RSV)分离物 病 毒分离物 由本所采 自云南保 山(BS)、云南宜 良(YI)、福建龙岩 (IY)、上海嘉定 (JD)、山东济 宁 (jN)、辽宁盘锦