火灾中温度升高对蛋白质构象影响的计算机模拟(Ⅱ)——经验力场和势函数.pdfVIP

维普资讯 第 10卷 第 2期 火 灾 科 学 V0J 10．No．2 2001年 4月 F眠E S^FETYSCⅡ CE Apr．20 0 1 文章编号：1004-5309(~001)02—0076-04 火灾中温度升高对蛋白质构象影响的计算机模拟 ( — — 经验力场和势函数 邱 榕 ，范维澄 ‘中国科学技术大学 火灾科学国家重点实验室，台肥 23OO26 摘要：介绍了文献[1]蛋白质构象模拟计算所用的 学特 性可 以用肘 问依赖 的 Schr6dinger方程 来表 经验力场和势函数，以及在分子动力学模拟过程 中， 征[5]： 为提高积分时间步长而采用的 SHAKE方法。经验 L 1 [fqz(r，￡)=一 ( ) (1) 力场和势函数是进行蛋 白质构象计算机模拟的基 础，SHAKE方法则是加一怏计算速度的行之有效的方 其中 为体系波函数，h为 pJ 常数 ，，为空间位 置矢量 ，哈密顿算符 矗 由每个粒子的动能项及各粒 法 关键词 ：模拟 ；经验力场；势函数 子之间相互作用的位能项组成 。但是对于含有成百 中图分类号：Q51 文献标识码：A 上千个原子 的生物大分子 ，用计算机求 (1)式的数字 解以模拟分子的量子动力学行为，即进行量子分子 0 引言 动力学 (OuantLl|l1MolecularDynamics，QMD)模拟，目 蛋 白质构象是当今科学研究的重要课题之一． 前还是很困难的。现在常用的方法是把复杂的分子 蛋 白质构象的复杂多变是形成复杂的生物组织的前 体系看作势能面(PotentialEnergySurface)中质点的 提和基础 ，而且许多生理功能的实现也与蛋白质 的 运动，用经典力学来对它进行描述 。 构象密切相关。在文献[1]中，作者基于分子力学原 2 经验力场和势函数 理，用能量优化和分子动力学方法进行了温度对肽 链构象影响的计算机模拟 ，结果显示 ，火灾所致环境 文献[1]蛋白质构象的分子动力学模拟是把分 温度升高对多肽链的结构和功能是一个很敏感的因 子体系看作是质点在势能面中的运动 由于每个分 子体系的势能面是高度复杂的，难以精确描述。为 素之一 ，多肽链因吸热而使 自身构象发生异常变化， 进而与特定构象紧密联系的生物活性丧失，发生变 了实用往往选用某些与原子坐标相关的函数对势能 性，模拟结果对于从分子水平上揭示火灾对生物体 面进行拟台，得到势能面的近似解析表示，这种势能 的危害具有重要意义[2,3,43 本文中作者将详细阐 面的表示方法就是经验力场 ，而这组与坐标相关的 函数则为势函数_6-。 述文献[1]模拟过程中所用的经验力场和势函数，以 及分子动力学模拟时为加一陕计算速度，提高积分时 对一个典型的势函数，它所包含的项经常有：共 间步长 △t而采用的SHAKE方法 价 结 合 能 (，；s)， 非 键 相 互 作 用 势 (r；)，和特殊相互作用势 vrPect