ZNF395的生物信息学分析.doc

ZNF395的生物信息学分析2006级本硕四班 叶俊华指导老师：吴炳礼，许丽艳，李恩民ZNF395, 全称为Zinc Finger Protein395, 又被称为PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为MASVLSRRLGKRSLLGARVLGPSASEGPSAAPPSEPLLEGAAPQPFTTSDDTPCQEQPKEVLKAPSTSGLQQVAFQPGQKVYVWYGGQECTGLVEQHSWMEGQVTVWLLEQKLQVCCRVEEVWLAELQGPCPQAPPLEPGAQALAYRPVSRNIDVPKRKSDAVEMDEMMAAMVLTSLSCSPVVQSPPGTEANFSASRAACDPWKESGDISDSGSSTTSGHWSGSSGVSTPSPPHPQASPKYLGDAFGSPQTDHGFETDPDPFLLDEPAPRKRKNSVKVMYKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALHLGDTVDSDQFKREEDFYYTEVQLKEESAAAAAAAAAGTPVPGTPTSEPAPTPSMTGLPLSALPPPLHKAQSSGPEHPGPESSLPSGALSKSAPGSFWHIQADHAYQALPSFQIPVSPHIYTSVSWAAAPSAACSLSPVRSRSLSFSEPQQPAPAMKSHLIVTSPPRAQSGARKARGEAKKCRKVYGIEHRDQWCTACRWKKACQRFLDMASVLSRRLGKRSLLGARVLGPSASEGPSAAPPSEPLLEGAAPQPFTTSDDTPCQEQPKEVLKAPSTSGLQQVAFQPGQKVYVWYGGQECTGLVEQHSWMEGQVTVWLLEQKLQVCCRVEEVWLAELQGPCPQAPPLEPGAQALAYRPVSRNIDVPKRKSDAVEMDEMMAAMVLTSLSCSPVVQSPPGTEANFSASRAACDPWKESGDISDSGSSTTSGHWSGSSGVSTPSPPHPQASPKYLGDAFGSPQTDHGFETDPDPFLLDEPAPRKRKNSVKVMYKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALHLGDTVDSDQFKREEDFYYTEVQLKEESAAAAAAAAAGTPVPGTPTSEPAPTPSMTGLPLSALPPPLHKAQSSGPEHPGPESSLPSGALSKSAPGSFWHIQADHAYQALPSFQIPVSPHIYTSVSWAAAPSAACSLSPVRSRSLSFSEPQQPAPAMKSHLIVTSPPRAQSGARKARGEAKKCRKVYGIEHRDQWCTACRWKKACQRFLDLength=513 Weight= 54939 Da该基因包含了一个锌指motif。如下图所示：280-305 YKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALH 一个锌指motif的三维结构如下：ZNF395在染色体中的定位为：chr8p21.1（图1），全长513AA，包含两个内含子和九个外显子（图2），ZNF395及其邻近基因： 图 1ZNF395基因结构示意图：图2 在获得ZNF395的基本信息后，为了进一步了解其功能，又做了几项的生物信息学分析：在 HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ \t _parent http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 上预测信号肽，得到SignalP-NN（图3）和Signalp-HMM(图4)结果分析。图3图4分析结果表明，该蛋白序列含有一段可疑的信号肽序列。在 HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/进行O型糖基化修饰预测，得到如下结果： 从结果中可以看到，ZNF395的216，217，224，225，229，343，348，350，351，356，358，360等等部位可能发生糖基化修饰。糖基化修饰位点相对较多。在 HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ \t _parent http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ 上进行N型糖基化修饰预测，结果未发现N型糖基化修饰位点（图5）图54.在 HYPERLINK /calc_mw_pi.html \t _parent /calc_mw_pi.html 计算理