基于序列结构信息的多序列比对算法.pdfVIP

维普资讯 软件 时空 中文核心期刊 《微计算机信息》(管控一体化)2007年第23卷第7-3期 文章编号：1008—0570(2007)07…3024003 基于序列结构信息的多序列比对算法 MultipleSequenceAlignmentAlgorithm BasedonSequenceStructureInformation (南昌航空工业学嘲张 永 李其 申 江泽涛 蔡 虹 ZHANG YONG LIQISHEN JIANG ZETAO CAIHONG 摘要：在介绍生物信 息学 中多序列 比对定义和原理的基础上 ，给 出了序列结构信 息集 的表示形式和基 于序列结构信 息的度 量函数 ，该函数只与参加 比对序列 自身信 息有关，不受主观 因素的影响 ，能更客观、有效地反映生物序列之间的进化距离。 通过利用该 函数计算序列 间的进化距 离．在渐进 比对 的基础上 ，采用迭代策略 ，不断修正指导树 ，进而提 高比时 的准确性 ， 避免 了局部最优 问题 。最后 ，通过 实验模拟 ，本算法在保证不提高计算时间复杂度 的基础上 ，提高了序列 比对 的准确性 ，同 时也很好地反映 了生物学意义。 关键词：生物信息学；多序列比对 ；序列结构信息 中图分类号：TP301 文献标识码：A Abstract：Thispaperpointsouttheexpressionofsequencestructureinformation setand themeasuringfunctionofsequencesturcture infomr ationonthebasisthatithas describedthedefinitionand principleofmultiplesequencealignmentin bioinformatics．Thisfunc- tionisonlyrelatedtosequencesthemselvesbutnotaffectedbysubjectivefactors，SOitcallreflectobjectivelytheevolutiondistance ofseuq ences．Throughprogressivealingmentbyusingthemeasuringfunctionofseuq encestructureinfomr ation to calculatesequences distance，iterativestrategyisintroduced tocorrectguidetreecontinuallyand then alingmentaccuracy isimproved，avoidingtheprob- lem oflocal optimization． Atlast， thisalgorithm increasesalingmentaccuracyon thebasisofscarcelyheighteningcomputingcom- plexitybyexperimental—analogicmethod，andatthesametime，itcommendablymirrors singificancein bioloyg Keywords：Bioinformatics。MultipleSequenceAligmnent，SequenceStructureInformation 目前，进行序列 比对的算法很多，而这些算法大多基于运 1 引言 筹学中动态规划思想，只是在其基础上进行 了不 同程度 的改进 生物信息学是包含生物信息的获取、处理、储存 、分析和解 而已 多序列 比对 问题实际上是两条序列 比对 问题的一般化推 释等在内的所有方面的一 门交叉学科，它综合运用数学、计算机 广 ，但是 由于 DNA或蛋白质数据库容量 的指数级增长 ，当比对 科学