第三章 关键词和词组为基础的数据库检索.docVIP

第三章 关键词和词组为基础的数据库检索 随着大量生物学实验数据的积累，众多的生物学数据库也相继出现，它们各自按照一定的标准收集和处理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、处理等服务。如何从浩瀚的数据库中获取有用信息，怎样处理提取的数据，进而从中获得与生物结构、功能相关的信息成为科学工作者面临的一个急待解决的问题。用户想要有效、迅速的获取生物信息，首先必须对因特网上的生物信息资源相当了解。我们在上一章中已经详细讲述了重要的生物学一级和二级数据库。在正确选择了可能包含要查询信息的数据库后，我们就要选用合适的检索工具对其进行检索。在生物信息数据库发展的同时，各数据库开发和维护单位也在同时进行高效率的数据库检索体统的研发。检索体系可分为两大类：以关键词或词组为基础进行检索和以核苷酸或蛋白质序列为基础进行检索。前者的代表是NCBI开发的Entrez系统和EBI开发的SRS系统，而后者的代表则是NCBI的BLAST和EBI的FASTA。 3.1 Entrez检索系统 Entrez 是NCBI提供的以关键词和词组为基础的数据库检索系统。与 Entrez 体系相连的数据库有8大类29个，其包括文献数据库如Pubmed、OMIM、Books等；核苷酸序列数据库如Genbank、Gene、SNP、UniSTS等；蛋白质序列数据库如Proteins等；结构数据库如Struture、3D Domains等