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人类肿瘤的鼠模型网络入口:鼠的肿瘤生物学数据库 生命科学学院2002级生物技术 曹文瑞 学号:021402153 摘要 鼠的肿瘤生物学数据库（MTB）提供有遗传详细说明(即先天性,转基因和有目标的突变种)的老鼠种群肿瘤遗传学和病理学的详细信息资源。这个数据库中的数据资源包括已经发表的科学文献以及科学团体的直接的数据论据。研究者利用基于环球网的询问窗体访问MTB，他们可以利用这个数据库回答诸如“对基于C57BL/6J背景创造的转基因老鼠的肿瘤有哪些报道？”，“老鼠中哪些肿瘤与Trp53 基因的突变有关？”和“在不考虑遗传背景的情况下，有哪些乳腺肿瘤的病理模型是可用的？”之类的问题。鼠的肿瘤生物学数据库自1998年在鼠基因组信息学网站()上提供使用。最近我们对MTB进行了一些改进，包括新的查询选项、重新设计的查询窗体和病理学及遗传学数据的结果界面、增加了病理学数据的电子数据论据和注解工具。 导言 实验室中老鼠已经被用作研究人类疾病的模型有很长时间了，这是因为他们在生理上、在基因组的容量和组织上与人类相似，并且易于在遗传上进行改造、易于实验操作。能够确切的反映人类癌症和组织病理学的发育中的鼠模型是1998年由国家癌症学会一次“偶然的机会”发现的。鼠模型提供了探究疾病进展过程中遗传及细胞方面的变化以及对有可能应用于临床的治疗策略进行测试的手段。 不同的鼠纯系株在肿瘤易感性方面有很大不同。标准的鼠纯系通常并不是人类肿瘤的恰当模型，这是由于鼠中零星肿瘤的低频率和较晚的发作时间。尽管如此，对特殊遗传背景下肿瘤特征模式的了解对于选择用于得到疾病进展模式更有利于建造人类特殊疾病的遗传及分子模型的转基因或靶突变的合适鼠种系是重要的。许多关于有遗传详细说明(即先天性,转基因和有目标的突变种)的鼠肿瘤易感性和抗性的数据在允许研究者对不同鼠品系进行比较或比较标准鼠纯品系和基于同样先天背景建造的转基因或定点突变鼠品系癌症模式的形式下是不可用的。将连成一体的关于有遗传详细说明的鼠品系遗传和病理生物学的不同数据放入一个可查询的数据库是MTB第一位的任务。 在最近的一项对肿瘤遗传学研究的网络资源的调查中，我们发现了70余个与基础肿瘤遗传学研究相关的数据库和信息资源。大多数现有肿瘤相关资源和数据库集中于单个基因或特殊的肿瘤性状。在我们调查的站点中，仅有少数提供关于人肿瘤鼠模型的信息；提供实验室老鼠病理生物学详细信息的站点则更少。在提供有关肿瘤遗传学和病理学的综合数据的范围和深度上，MTB在现有的资源中是独一无二的。 MTB自1998年以来就可以通过环球网方便的使用。出现于MTB中的最初数据是肿瘤类别、老鼠品系、遗传学、病理学和参考文献（已发表和未发表的文献都包含于这个数据库中）。这些方面代表了查询此数据库的基于网络的窗体的主要内容。MTB是用于描绘由Jackson实验室鼠基因组信息（MGI）组织建立的实验室老鼠品系遗传及生物学信息的信息学下部构造的延伸。MTB中鼠基因和品系的命名法来自于鼠基因数据库(/mgihome/nomen)描述的鼠的正式命名法。数据库中应用的解剖学术语来自于基因表达数据库（GXD）鼠解剖学控制性词汇。MTB中的许多病理学和诊断学术语来自于一本权威的教科书——衰老鼠的病理学。 2000年对MTB的改进 关于MTB的设计和实施细节已在别处介绍。这篇报告的目的是介绍MTB的新特色和对它的改进。我们在过去一年我们收到的数据库使用者的最普遍的意见是提供额外的查询选项和对病理学及遗传学数据的报道。使用者还要求我们重新设计一些数据摘要页面以便使他们不必经过如此多的超文本链接得到他们想要的信息。根据用户反馈意见而作出的对系统的改变细节将在下面进行说明。对这些变化进行说明的网络链接可以在本文的在线版本中看到（增补材料）。 肿瘤类型查询的新查询选项 我们实现了对肿瘤类型查询选项两个方面的改进。首先，我们增加了通过解剖学体系而不仅仅是器官名称查询数据库的能力。使用者现在可以提交如“从MTB中找到所有消化系统肿瘤的信息”之类的查询。第二，我们增加了对基于肿瘤转移状态查询限制的支持。例如，现在搜寻已知的扩散到肺或肝脏的乳腺瘤成为可能。 对病理学查询的改进 在早先的MTB版本中，使用者可以仅仅查询和查看特殊的种/肿瘤联合的显微照片和诊断记录（例如，“显示所有FVBN-TgN(MMTVPyVT)634Mul雌性转基因鼠的乳腺癌种类”）。在2000年十月的数据库版本中，我们增加了新的查询窗体允许使用者用更加普通标准（包括器官名称（如“找到所有物种的肝脏肿瘤的病理学图像”）、品系名称（如“找所有可用的BALB/c品系所有器官系统和所有类型的肿瘤”）和肿瘤类型（如“找所有可用的所有物种的乳腺癌病理学数据”））搜索病理学数据。通过这项改进，数据库使用者可以在MTB中通