猪圆环病毒(PCV)序列分析与进化.pdfVIP

中国兽医学报 2004年3月第24卷第2期 吼锄L厂矿甜S“Mar．2004V01．24No．2 105 猪圆环病毒(PCV)序列分析与进化 马相如，陈焕春，肖少波，刘正飞，曹胜波，张利达 (华中农业大学畜牧兽医学院，湖北武汉，430070) 摘要：从GenBank数据库下载了世界各地分离的猪圆环病毒基因组全序列，并对其进行多重比对，绘制系统进化树， 发现来自同一国家或地区的PCV毒株亲缘关系较近。提取PCV0RFl编码的蛋白质序列，进行多序列比较，分析保 守氨基酸序列，搜索结构域相似序列，结果发现玉米线条病毒属与PcV的起源有密切的关系。此外，在数据处理过程 中通过自编程序结合互联网及免费软件，能迅速进行大规模序列比较分析(35个序列以上)，提高了生物数据分析处 理的速度。 关键词：猪圆环病毒；序列分析；系统进化；生物信息学 中图分类号：s852．65 文献标识码：A 文章编号：1005—4545(2004)02一0105一04 猪圆环病毒(porcinecircovirus，PCV)最初认为是一种细 胞污染物，可持续感染PK—15细胞，但不引起细胞病变[1]。后 7， 来，Tischer等[23又证实这种病毒来源于当初制备PK一15细胞 的猪肾组织，病毒基因组为单股圆环状DNA，是一种新发现 的病毒。1997年，法国Lecann等口1首次报道从发生猪断奶 wast— multisystemic 后多系统衰竭综合征(postweani“gpigs USA4／AF264039，USA5／AF264040， ingsyndrome，PMws)的病猪淋巴组织中检测到PCV病毒 颗粒，并认为PcV是导致PMwS发生的主要病原。随后的研 究表明，导致发生PMwS的这种致病性PCV与原来从PK～ 15细胞中分离出来的PCV既同源又有差异，分别定为Ⅱ型 和I型‘“。 German4／AF201308， German5／AF201309， German6／ 759 768 PCV一1基因组全长1bp，PCV一2全长1bp或 l767 bp。PCV一1与PcV一2序列同源性小于80％[…，但PCV一 2毒株间的核酸序列同源性大于96％。PcV一1与PCV一2都有 读码框oRFl，编码病毒复制蛋白(rep蛋白)，各毒株间的 Francel为PCV一1型，其他均为PCV一2型。 ORFl编码蛋白质序列同源性大于86％，在jPCV各读码框编 码自，蟠白质中同源性最高口]。 近2年来，PMws已在我国广泛流行，国内已有多个实 表1 PCV一2分离物及序列编号 验室开展这方面的研究，并且已分离到多个国内地方株[7”]。 本实验室也从湖北、湖南、河南等地分离到多株病毒，并完成 了我国第1个国内地方分离株(豫A株)的全序列测定[1““]。 为了研究PCV各毒株之间的遗传变异和进化的亲缘关系，本 试验采用自编程序自动下载了世界各地分离的PCV毒株的 全序列，进行多序列比对，绘制系统进化树；并对PCV中最保 守的0RFl编码蛋白质序列进行比较分析，搜索结构相似的 序列，分析PCV与其他病毒的关系，以寻找PCV的进化起 源。 1 材料与方法 1．1 PCV基因组序列的获取在GenBank数据库中用关键 词porcinecircovirus搜索得到101个记录(查询时间为2002 年9月1日)，其中有51个为基因组全序列，采用GetGBF程 序(用Perl语言自行编写的小程序)将这51个序列自动下载 1．2 X(1．64b)软件对 基因组序列比对 采用CLUSTAL 到本地计算机中，并转为标准的GBFF(GenBankflatfile)序 列文件