微生物分类单元聚类算法比较研究.pdfVIP

第 33卷 第 6期 北京生物医学工程 VoL33 No．6 2014年 12月 BeijingBiomedicalEngineering Deeember 2014 微生物分类单元聚类算法比较研究 周晨 张绍武 陈伟 摘 要 目的 随着高通量测序技术的发展，产生了大量的微生物 16SrRNA基 因序列数据。对该 数据进行精确的微生物操作分类单元 (operationaltaxonomicunit，OTU)划分 ，有助于了解环境中微生物 的种群组成及分布。方法 本文在真实数据集与模拟数据集上 ，对现有的7种流行 OTU单元聚类算法进 行了对 比研究，并分析了这些算法的优缺点及使用范围。结果 序列长度 、测序深度对聚类结果均有影 响。结论 相同的序列相似性阈值下，不同的聚类算法聚类结果差异较大，其中CROP算法的鲁棒性和抗 噪性较好 。 关键词 聚类；操作分类单元；16SrRNA基因；微生物 DOI