基于语义关系的疾病知识提取系统.pdfVIP

第 41卷 第 1期 计 算 机 工 程 2015年 1月 Vo1．41 NO．1 ComputerEngineering January2015 · 开发研究与工程应用 · 文章编号：1000．3428 2015 01．0284．05 文献标识码：A 中图分类号：TP311 基于语义关系的疾病知识提取系统 吴晓芳，杨志豪，林鸿飞，王 健 大连理工大学计算机科学与技术学 院，辽宁 大连 116024 摘 要 ：在生物医学领域 ，通过知识提取过程从海量 的生物 医学文献 中提取疾病 、基 因和药物之间的关系并 1I视化 显示 ，可 以为临床医学实验提供有效的假设检验 ，推动生物医学科技 的发展。为此 ，提 出一种基于语义关系的以疾 病为 中心 的疾病 、基 因和药物间的知识提取系统。利用 SemRep得到特定主题 Medline文献 的语义输 出，通过显著 信息提取算法提取 SemRep的语义输出关系。对照 OMIM 和 GHR在线数据库进 行评估 ，实验结果显示该显著信 息提取系统 的准确率可达 0．76。 关键词：知识提取 ；语义关系提取 ；显著信息提取算法；SemRep工具；语义输出；网络图可视化 中文引用格式 ：吴晓芳，杨志豪，林鸿 飞，等．基于语义关 系 的疾病知识 提取 系统 [J]．计算机 程 ，2015，41 1 ： 284—288． 英文引用格式 ：WuXiaofang，YangZhihao，LinHongfei，eta1．DiseaseKnowledgeExtractionSystemBasedonSemantic Relation[J]．ComputerEngineering，2015，41 1 ：284—288． DiseaseKnowledgeExtraction System BasedonSemanticRelation W U Xiaofang，YANG Zhihao，L1N Hongfei，W ANG Jian SchoolofComputerScienceandTechnology，DalianUniversityofTechnology，Dalian116024，China 【Abstract】Inthebiomedicalfield，knowledgesummarizationcangreatlypromotetheinnovationofbiomedicalscience and technology．Dynamicsummarizationcanprovidenovelclinicalexperimentalhypothesisbyextractingthelinksamong diseases，genes，drugsfrom the massofbiomedicalliterature and visualizing it．This paper presentsa system which summarizesthesalientrelationsbythesalientextractionalgorithm usingthespecificSUbjectMedlinecorpusbySemRep semanticoutput．Experimentalresultsshow thattheprecise ofexperimentalresultis0．76 referring to OMIM and GHR onlinedatabases． 【Keywords】knowledgeextraction；semanticrelationextraction；significantinformationextractionalgorithm；SemRep tool；semanticoutput；networkdiagram visualization DOI：10．3969／i．issn．1000—3428．2015．01．054 索算法 的有效性并 没有得 到很好 的评估 ，文 1 概述 献 [2]从 Medline中抽取有用的关系，简洁地概括出 生物医学文献持续不断的增长给传统的信息榆 原始文献的主要信息 。文献 [3]提出_r一个 自动从 索技术带来极大的挑 战。有效 的医学文献检索 ，尤 文献集中提取摘要 的算法 Combo，该算法提取了与 其是从海量 的生物 医学文献 中发现显著的疾病 、基 某一特定疾病相关的基 因。文献 [4]在之前实验基 因、药物之间的关联信息对生物医学工作者在临床 础上又提出了一个用于决策支持的文本摘要生成方 试验和病患诊疗方面有极大的帮助。传统的人：r阅 法。为了跟踪 最新 的医学研究领域 的工作进展