MD模拟研究Mini-protein Chignolin去折叠过程中残基的构象熵.pdfVIP

维普资讯 第 23卷第 6期 德 州 学 院 学 报 VoI．23，NO．6 2007年 12月 JournalofDezhouUniversity Dec．。2007 MD模拟研究Mini proteinChignolin去折叠 过程中残基的构象熵 刘贵忠，于家峰 (德州学院物理系，山东德州 253023) 摘 要 ：采用分子动力学模拟方法 ，对 Chignolin在 260K、300K、350K和 400K进行去折叠模拟 ，计算 8个 残基(2—9位点)的构象熵．研究发现，构象熵值可大致分为低熵组、中熵组和高熵组．影响残基熵值的因素主要为 温度、残基 的原子数、残基所在位点、与邻近残基 的相互作用等．还发现残基的构象熵有短时问急剧变化——阶梯 跃变的现象．这意味着蛋 白质的去折叠可能是不连续的．提示蛋白质的折叠过程可能也是不连续 的． 关键词 ：Chignolin；构象熵 ；分子动力学模拟 ；去折叠；阶梯跃变 中图分类号：Q612 文献标识码 ：A 文章编号：1004—9444(2007)06—0001—04 在实验和理论上对蛋白质折叠的研究已经倾注 gnolin的构象熵进行分子动力学模拟研究 的报道． 了科学家大量的劳动 ，虽然蛋 白质折叠问题远未解 文中以CHignolin天然态为初始构象 ，进 行去折叠 决 ，但是已经取得了很大进展．基于 自由能的融球中 分子动力学模拟 ，通过计算各个残基在不同温度的 间态模型，为解决蛋 白质的折叠过程建立了合理的 构象熵 ，揭示蛋白质去折叠的机制 ，探求蛋白质折叠 框架，据此进行了大量 的研究．值得注意的事 ，一个 的机制． 非常重要 的热力学参数熵 ，在折叠过程 的研 究中有 些被忽视了，近几年才有少量的研究出现．构象熵对 1 理论与方法 认识蛋 白质折叠具有独特 的优势 ，能够对 自由能不 能解释的现象给出解释L】]． 在详细地考虑了所有关于构象熵 的理论之后发 人工设计合成 的小蛋 白质 Chignolin(mini— 现，对于 Chignolin，选择 Schlitter公式计算其构象熵 是合适的，这不仅 由于该公式的形式简洁，更 由于该 protein)仅有 1O个 氨基 酸 残基 (GYDPETGT— 公式在处理结构域和多肽的构象熵方面是很成功的． WG)L2]，其结 晶态为含两个 p折叠片 的发卡结构． Schlitter公式可以近似估算绝对熵 S 它的设 计构 想基 于独立 元件 (autonomousele— ments，AEs)为蛋白质折叠的核心片段，选取的靶序 ss一丢忌Blndet[1+ ] (1) 厶 ，I 列为蛋白质 GB1结构域 的位于 41—56的残基．通 其中 志 为 Boltzmann’S常数，T 是热力学温 过计算蛋 白质或多肽及其结构域 的构象熵 ，揭示其 度 ，e是 Euler数 ，矗是 Planck常数除 以2丌，M 为质 结构变化的机制 ，如折叠态和去折叠过程的特征是 量权重矩阵 ，其非对角元为 0，是原子 (团)位置 的 很有益的．Schlitter公式用于计算一些分子如 口一