VAT4M：冷冻电镜重构数据可视分析系统.pdfVIP

第七届（2009 ）两岸三院信息技术与应用交流研讨会论文报告集 VAT4M：冷冻电镜重构数据的可视分析系统∗ 1，2 1 1 1 1 1 单桂华 刘俊 汪云海 叶良 迟学斌 陆忠华 1.中科院计算机网络信息中心 2.中科院研究生院 摘要： 冷冻电镜是研究生物大分子结构的重要手段，本文研究了冷冻电镜技术的关键问题之一，重 构三维密度数据的分析问题。我们研究设计了一个冷冻电镜重构数据的可视分析系统 -VAT4M 。VAT4M 把体绘制引入该数据的可视化中，研究了基于 GPU 硬件加速的 ray casting 算法，帮助生物学家快速轻松的发现隐含的数据内涵。在数据分析处理方面，利用 了病毒结构的特点，提出了自动分割算法和骨架搜索算法。最后给出了应用实例。 Abstract: Cryo-electron microscopy (CryoEM) is a very important method for studying the structures of macromolecular machines. In this paper, we focus on the analysis of reconstructed density map, which is one of the key problems in CryoEM technique and design a visual analysis system VAT4M. We accelerate ray casting volume rendering algorithm from image and data space. For data intellectual analysis, we present an automatic segmentation method, multi-objects Fast marching method for icosahedral viruses. It is able to automatically segment reconstructed density map into subunits using the icosahedral nature of the viruses. Moreover, we propose a skeletonization method to quickly obtain feature of density data map. Last experimental results are gived. 1 引言 蛋白质的结构决定着生物大分子的功能，为了探索生命的奥秘，生物学需要研究蛋白质 的结构与功能。病毒是这个世界上最简单的生命体单元，绝大多数的人类病毒和动植物病毒 具有对称的二十面体结构的衣壳[1]。目前主要有三种研究生物结构的技术：电镜，核磁共 振，X 射线衍射。其中冷冻电镜是一种先进的冷冻电子显微镜仪器。它可以瞬间冷冻生物样 品，使其保持在鲜活状态下的组织结构，然后利用电镜进行拍照，它是唯一的能研究小到小 的蛋白质，蛋白质复合物大到细胞器甚至整个细胞的方法，分子量大小跨越了 12 个级数[]。 这些独特的特性使得冷冻电镜技术在结构生物学发挥越来越重要的作用。 利用冷冻电镜技术研究生物大分子结构有三个步骤：第一是利用电镜获取成千甚至上万 张生物样品的 2D 相片，然后，通过重构这些数据得到其三维密度数据，最后对这个密度数 ∗ 基金项目：中科院知识创新工程重大项目，面向蛋白质科学的高性能计算研究（KGGX1-YW-13）和国家 自然科学基金特征信息发现的并行算法及实现 252 第七届（2009 ）两岸三院信息技术与应用交流研讨会论文报告集 据进行分析，最终得到生物大分子的结构。为了了解这些复杂的生物大机器，必须对密度数 据进行分析。本文研究的就是第三个步骤：对密度数据的分析，通过可视化和分割等手段有 效快速分析密度数据。 可视化是显示数据内容的重要方式，可以让人们直观地看到数据内容。与传统的方式等 值面和切片可视化模式不同，在 VAT4M 中