甲酰胺二聚体氢键结构性质的理论研究.pdfVIP

2008年 3月 四川师范大学学报(自然科学版) Mar．，2008 第3I卷 第2期 JournalofSiehuanNormalUniversity(NaturalScience) Vo1．31．No．2 甲酰胺二聚体氢键结构性质的理论研究 孙定光 (四川师范大学 化学与材料科学学院，四川成都610066) 摘要：运用密度泛函理论B3LYP方法和6—311++G 基函数对甲酰胺二聚体进行结构优化与频率 计算．结果表明，甲酰胺二聚体存在两个稳定氢键异构体，分别具有非平面 C。对称性和平面C对称性．二 聚体分子间有强的相互作用，经基组重叠误差BSSE和零点振动能ZPE校正后的相互作用能为 一20．14和 一 27．40kJ／oto1．氢键的形成导致 H～N伸缩振动频率红移．298．15K和标准状态下，二聚体形成过程的 Gibbs自由能为 15．56和 18．82kJ／otol，显示甲酰胺二聚体的形成反应是一个非 自发过程． 关键词：甲酰胺二聚体；氢键；密度泛函理论 中图分类号：O641 文献标识码：A 文章编号 ：1001—8395(2008)02-0234-04 氢键在化学、生命科学和材料科学等领域中发 式中E 。和E。。分别表示二聚体和单体的能量． 挥着关键作用，在确定分子构象和晶体结构以及生 计算相互作用能时考虑基组重叠误差(BSSE) 物分子尤其是核酸和蛋 白质的结构功能中起着重 校正和零点振动能 (ZPE)校正．含BSSE校正的相 要作用 ¨引．甲酰胺是最简单的分子，通常被选作为 互作用能△E计算如下 ¨ AE = AE +EBssE EA B—EA(B)一EB(A)， 研究蛋白质 水，蛋 白质一溶剂相互作用和DNA结构 … 的典型分子．文 [6]用从头算方法研究了甲酰胺与 其中E ．是复合物A…B的能量， 、是复合物中 羟基乙腈二聚体．甲酰胺在溶剂中的电子光谱有理 B所有原子核设为携带虚轨道的傀儡原子时计算 论研究 ．文 [8—10]从理论上研究甲酰胺一水复合 获得的单体A的能量，E。㈩是复合物中A所有原 物的氢键结构与性质．理论研究甲酰胺二聚体的氢 子核设为携带虚轨道的傀儡原子时计算得到的单 键结构与相互作用能、振动光谱、热力学等性质有 体B的能量．经 BSSE和 ZPE校正的相互作用能 助于相关氢键体系的进一步研究，具有较高学术价 AE计算为 值和一定的实际意义．但甲酰胺二聚体氢键结构与 AE ： △E +EzPE = 性质未见研究报道．本文通过 甲酰胺二聚体氢键的 △E +EBssE+ △EzPE． 键长，氢键形成时质子给体 N—H键的键长，氢键 相互作用能，质子给予体N—H伸缩振动 IR频率 2 结果与讨论 的变化来描述氢键特征． 2．1 二聚体氢键结构与相互作用能 在 B3LYP／ 1 计算方法 6—3ll++G(d，P)理论水平上对 甲酰胺单体分子进 行结构优化和频率计算，得到稳定构型具有 c对 密度泛函理论已被证明在氢键体系的研究中十 称性，结构参数见表 1．由表 1可知，在 B3LYP／6— 分有效 。，本文运用Gaussian03程序 ，在B3LYP／