用Phylomatic和PhyloCom进行.doc

用Phylomatic和PhyloCom进行 群落系统进化分析 ? 张金龙?Jinlongzhang01@ ?（中国科学院植物研究所） ? PhylomaticPhyloCom软件，是哈佛大学的Cam Webb博士、俄勒冈大学的Steve Kembel博士、加州大学伯克利分校的David Ackerly教授编写的一套用于群落物种组成系统发育关系的软件。 Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。由于当前物种测序还不够充分，某一个群落中或某一个地区所有物种的某几个基因的序列还不能全部拿到，因此可以用Phylomatic建立基于APGIII骨架的进化树。PhyloCom软件是用来进行群落系统发育与进化分析的。PhyloCom可以为Phylomatic软件得到的进化树拓扑结构，按照一定的规则拟合一定的枝长，其功能还包括：计算群落的系统发育多样性（PD），计算群落的系统发育结构(community structure)，计算群落的系统发育距离(community phylogenetic distance)，分析群落的性状进化(AOT)。 下面就介绍如何使用Phylomatic和Phylocom进行相应的分析。 ? 一?Phylomatic?建立进化树 ? 1??物种名录的准备 复制拉丁文属名，打开?/phylomatic/kew