利用高通量测序分析青藏高原地区青杨的SSR和SNP特征.pdfVIP

林 业 科 学研 究 2015，28(1)：37～43 ForestResearch 文章编号：1001—1498(2015)01-0037-07 利用高通量测序分析青藏高原地区青杨的 SSR和 SNP特征 雷淑芸 ，张发起 ¨，KhanGulzar，王久利 ，刘海瑞一，陈世龙 (1．中国科学院高原生物适应与进化重点实验室，中国科学院西北高原生物研究所，青海 西宁 810008；2．中国科学院大学， 北京 100049；3．西南大学生命科学学院，重庆 400715) 摘要 ：利用 IlluminaHiSeqMT2000平台对采 自青海玉树的青杨进行高通量测序，SSR分析共获得7067条 SSR序列， 复合型 SSR共 525条 ，发生频率 0．149，平均跨度4531．87bp。SSR重复类型 中，单核苷酸重复类型最多 (33．96％)；三核苷酸重复类型次之 (31．0o％)；二核苷酸重复类型位居第三 (27．69％)；四核苷酸、五核苷酸、六核 苷酸重复类型SSR含量很少 (8％)。二核苷酸重复类型中，AG重复类型所 占比例最高，GA次之 ，CT、TC则紧随 其后 ；三核苷酸重复类型中，AAG重复类型所占比例最高，GAA次之，TYC、AGA、GAG、CAG、TCT、TGG等重复类型 数量相近。SNP分析发现，LlA中含SNP162343个，L2A中含 SNP229115个。SNP类型中，转换类型明显高于颠 换类型，L1A中转换类型占61．06％，颠换类型占38．94％，L2A中转换类型占61．27％，颠换类型占38．73％。转换 类型中，C-T发生频率最高，分别为30．75％、30．66％，A—G发生频率与 C-T相差不大，分别为 30．31％、30．62％。 LlA和L2A中SNPs类型及其发生频率变化趋势基本一致，L2A中与LlA中相对应的同一SNPs类型的数量之 比约 为2：1。分析表明，在青杨的遗传多样性中，SNP标记较SSR标记更为可靠。 关键词：青杨；青藏高原；高通量测序；微卫星；单核苷酸多态性 中图分类号：s718．46 文献标识码 ：A CharacteristicAnalysisofSSR andSNP inPopuluscathayanaonthe Qinghai-·TibetanPlateaubyHigh--ThroughputSequencing LEIShu—yun ’，ZHANGFa—qi。 KhanGulzar，WANGJiu．1i，LIUHai．rui，，CHEN Shi．1ong ， (1．KeylaboratoryofAdaptionandEvolutionofPlateauBiota，NorthwestInstituteofPlateauBiology，ChineseAcademyofSciences Xining 810008，Qinghai，China；2．UniversityofChineseAcademyofSciences，Beijing 100039，China； 3．SchoolofLifeSciences，SouthwestUniversity，Chongqing 400715，China) Abstract：TwosamplesofPopuluscathayanafrom Yushuweresequencedwithhigh--throughputsequencingtechnolo-- gY(IlluminaHiSeqⅢ2000)．Atotalof7076sequenceswerehuntedformicrosatellitesanalysis，including525corn— poundmicrosatellitesequences．Theresultsshowedthatthemononucleotiderepeatswerethehighest(33．96％)， followedbytrinucleotiderepeats(31．00％)andd