基因序列分析及资料库的使用.docVIP

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2017-08-09 发布于重庆
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基因序列分析及资料库的使用.doc

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基因序列分析及资料库的使用.doc

基因序列分析及資料庫的使用陳福旗屏東科技大學農園系基因序列之分析可以從其核苷酸序列或氨基酸序列著手，序列分析之目的有下列各點：與資料庫的基因比對 (BLAST)，確認所選殖到的基因為試驗之標的基因。將資料庫中相似的基因序列複製出來，以比對試驗標的基因與基因庫中同一類基因之相似度 (多序列排比，multiple alignment)，並可獲得親緣關係之樹狀圖 (dendrogram)。由多序列排比，找出具有相同序列 (保守性) 的區域，據以設計退化因子 (degenerate primers)，進行聚合酶連鎖反應 (PCR)，選殖基因。比較兩個DNA(基因)之核苷酸序列具差異之處。多序列排比，multiple alignmentUpload multiple sequences in Fasta format, which consists of a one-line header starting with a symbol, followed by the sequence name/ description，例如，如果要比對花青素合成基因dihyroflavonol 4-reductase，可以到資料庫中，把不同物種相同基因之編碼及其氨基酸序列以下列方式列出，即為所謂Fasta format (先標出一個大於符號，其後將基因編碼列出，換行後，將氨基酸序列貼上去： HYPERLINK /entrez/viewer.fcgi?val=AAU93766.1 AAU93766MENEKKGPVVVTGASGYVGSWLVMKLLKKGYVVRATVRDPTNLTKVKPLLDLPRSNELLSIWKADLDDVEGSFDEVIRGSIGVFHVATPMNFQSKDPENEVIKPAINGLLGILRSCKKAGSVQRVIFTSSAGTVNVEEHQAAVYDESCWSDLDFVNRVKMTGWMYFLSKTLAEKAAWEFVKDNDIHLITIIPTLVVGSFITSEMPPSMITALSLITGNDAHYSILKQVQFVHLDDVCDAHIFLFEHPKANGRYICSSYDSTIYGLAEMLKNRYPTYVIPQKFKEIDPDIKCVSFSSKKLLELGFKYKYSMEEMFDDAINTCRDKKLIPLNTDQEIVLAAEKFEEVKEQIAVK HYPERLINK /entrez/viewer.fcgi?val=AAB62873.1 AAB62873MENEKKGPVVVTGASGYVGSWLVMKLLQKGYDVRATIRDPTNLEKVKPLLDLPRSNELLSIWKADLNDIEGSFDEVIRGCVGVFHVATPMNFQSKDPENEVIKPAINGLLGILTSCKKAGSVKRVIFTSSAGTVNVEEHQAAVYDENSWSDLHFVTRVKMTGWMYFVSKTLAEKAAWEFVKENAIHFIAIIPTLVVGSFITNEMPPSLITALSLISGNEAHYSILKQAQFVHLDDLCDAHIFVYEHPEANGRYICSSHDSTIYDLANMLKNRYATYAIPQKFKEIDPNIKSVSFSSKKLMDLGFKYKYTIEEMFDDAIKTCRDKNLMPLNTEELVLAAEKYDEVKEQIAVK HYPERLINK /entrez/viewer.fcgi?val=AAC17843.1 AAC17843METERKGPVVVTGASGYVGSWLVMKLLQKGYEVRAAVRDSTNFEKVKPLLDLPGSNELLSIWKADLNDIDETFDEVTRGSVGLFHVATPMNFQSEDPENEVIKPTISGLLGILRSCKRVGTVKRVIFTSSAGTVNVEEHQATVYDESSWSDLDFVTRVKMTGWMYFVSKTLAEKAAWEFVSDNDIHFITIIPTLVVGSFLISRMPPSLITALSLITGNEAHYSILRQAQFVHLDDLCDAHIFLFEHHKANGRYICSSHDSTIYSLAKMLKNRYATYDIPLKFKEIDPNIESVSFSSKKLLDLGFKYKYKYTMEEMFDDAIKTCRDKNLIPLHTEEMVSANEKFDEVKEQIAVK HYPERLINK /entrez/viewer.fcgi?val=AAQ83576.1 AAQ83576MENVKGPVVVTGASGYVGSWLVMKLLQYGYAIRATVRDPRDLRKTKPLLDIPGADERLTIWKADLSEDASFDEAINGCTGVYHVATPMDFDSKDPENEVIQPTINGVLGIMKSCKKAGTVKRVIFTSSAGT