生物信息学在新发再发传染病研究中应用.pdfVIP

1 forControlofEID2011 新发和再发传染病防治热点研讨会201 Workshop 生物信息学在新发再发传染病研究中的应用 杨剑 中国医学科学院病原生物学研究所，北京100176 生物信息学是对各种高通鬣生物学数据进行整合、管理、挖掘和阐释的一门新兴的交叉学科。 目前生命科学各前沿学科利现代医学的快速发展是以各种“组学”技术的应用和海量数据的产生为 特征的，而生物信息学是从海量数据中获取有效信息必不可少的支撑技术。近年来在国际国内的儿 次重大新发再发传染病疫情及相关研究中，生物信息学在病原体鉴定、溯源和进化分析等多方面都 发挥了至关重要的作Hj。同时，基于宏基冈组学手段和生物信息学分析的病原谱研究也逐步成为应 对潜在的新发再发传染病的重要手段之一。 2009年突发于北美的甲型HINI流感疫情迅速席卷全球，造成了世界性人流行。疫情初期，美 国CDC的研究人员就讯速的测定了流行毒株的基因组序列，并通过比较基冈组学和分子进化研究， 揭示了此次流行的甲型HINI流感病毒的起源(1，2)。在上世纪九十年代末期，由人源性H3N2流感病 毒、北美禽流感病毒、和典型的猪流感病毒重配而形成了三重重配猪流感病毒(H1N1和HIN2)，并 且一直在北美的猪群中流行传播，但是极少引起人的感染(可能冈其不能在人群间有效传播)(1)。 近期，由该三重重配猪流感病毒和Ⅱ欧禽流感样猪流感病毒发生了进一步的：肖段重配，替换了其中 的NA和M：训瑟，从而形成了目前流行的猪源性甲型HINI流感病毒(2)。该病毒与原米的三重重配猪 流感病毒不同的是，它可以在人与人之间快速传播，因此引起了全球性的甲型HINI流感大流行。显 然，快速准确的澄清新出现的流感病毒的起源，对于疫情的有效控制起剑了至关重要的作用。同时， 我国研究人员在甲璎HINI流感传入境内后也开展了系统的监测和研究，并通过比较基冈组学手段在 国际上首次确证了该甲型H1N1流感病毒存在隐性感染情况(3)，为我国防控策略的制定提供了依据。 近儿年来由肠道病毒引起的手足口病在我国持续高发，对儿童的生命健康和社会的安定造成了严重 的危害。但是肠道病毒种类、型别众多，其流行情况和危害科度也不尽相同。我国研究人员通过病 原谱研究，初步阐明了我国2008—2010年手足口病重症病例、夕匕亡病例和轻症病例的肠道病毒7l型 柯萨奇病毒B5与CAl6共感染现象，并由此导致严重的临床症状(5)。进而利川比较基冈组学和进化 基闪重组现象(6)，提示不同肠道病毒的共感染和自然重组频繁等特征可能是手足口病防控中需要密 切关注的问题。 2011年五月德国突发了由丁人肠杆菌污染蔬菜而导致的腹泻和溶血性尿毒综合征疫情，一度造 成了比众的恐慌，并对欧洲多个国家的相关蔬菜进出口贸易产生了严重影响。德国、美国、以及我 国研究人员分别采用了多种新一代高通譬测序技术对致病菌株进行了快速基因组测序，在不剑一周 的时间内就获得了基冈组草图，并通过比较基冈组学和分子进化分析确定了引发该疫情的病原体是 一株通过横向基冈转移获得了忠贺样毒素(Shiga 新兴高通肇技术手段在新发传染病研究中的有效应用，得益丁后续强有力的生物信息学技术支撑。 我国研究人员尝试性的开展了“开放性”的基冈组分析途径，有效的汇集了多国的生物信息分析专 家开展快速公关，取得了良好的效果(9)。 宏基冈组学是涉及微生物学、基冈组学、生物信息学等多个研究领域的新兴前沿交义学科。由 于宏基冈组学技术可以直接分析样本中的遗传物质，而避开了传统微生物学研究必需的病原鉴别、 分离培养、克隆构建等繁琐过科，冈此在病原微生物检测鉴定方面具有无可比拟的优势(10)。近年 来，随着新一代测序技术的不断发展，宏基冈组学技术手段已经开始在朱知病原发现方面发挥作用。 2007年美国研究人员通过比较多个地|又：的正常蜂巢和患有蜂群衰竭火凋症(CCD)蜂巢的宏基冈组 数据，最终发现了一种以色列急性麻痹病毒可能是导致CCD的病原体(11)。2008年，《科学》和《新 英格兰医学杂忠》分别发表了两篇应用宏基冈组学发现术知病原体的研究『r：作，一个是从一种皮肤 癌样本中发现的新删多瘤病毒(12)，另一个是揭示了与二起器官移植夕E亡病例相关的朱知沙粒病毒 (13)。这一系列引人注目的研究I：作，使得宏基冈组学在病原生物学方面