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论文中英文摘要
作者姓名:王晓杰
论文题目:小麦与条锈菌互作机理研究及抗条锈相关基因的功能分析
作者简介:王晓杰,男,1977年02月出生,2004年09月师从于西北农林科技大学康振生教授,于2009年06月获博士学位。
中 文 摘 要
由条形柄锈菌(Puccinia striiformis f. sp. tritici)引致的小麦条锈病是一种气传性真菌病害,在全世界小麦种植区域均有不同程度发生。在我国,小麦条锈病发生、危害十分严重,已成为影响小麦生产可持续发展的限制因素。国内外实践证明,抗病品种是防治小麦条锈病最经济、有效、安全的措施。因而,小麦抗条锈病机制及小麦与条锈菌互作机理等方向的研究一直是植物抗病性及其利用领域中的研究热点。从转录组水平上了解小麦与条锈菌互作的基因表达特征,克隆抗条锈相关基因并分析其功能,小麦与条锈菌互作分子机理,小麦抗条锈性的合理利用和小麦抗条锈性的遗传改良及条锈病的持久控制提供理论依据和技术支撑。
本文以小麦品种水源11分别与条锈菌CY31和CY23成的亲和与非亲和组合为材料,采用cDNA-AFLP技术对其进行表达谱分析分离差异表达的TDF(transcripts-derived fragment);利用qRT-PCR技术验证cDNA-AFLP表达谱以及分析重要基因的表达特征;通过PCR筛选文库和RACE方法,克隆蛋白激酶、病程相关蛋白及与HR(ypersensitive reaction)相关的基因,并通过生物信息学分析基因的基本特性;运用BSMV-VIGS(irus induced gene silencing)技术对候选基因进行了初步的功能分析。主要研究内容及结果如下:
1.分别在小麦接种条锈菌后6 h、12 h、18 h、24 h、36 h、48 h、72 h、96 h、120 h、144 h及 168 h取样,反转录合成cDNA,利用64对引物进行cDNA-AFLP表达谱分析33对引物具有较好的多态性亲和与非亲和组合中表达的TDFs分别为54,912和52,992个。在亲和组合中2,306个TDFs的表达谱发生了改变(占表达谱的4.2%),上调表达的有1,340个,下调表达的有966个在非亲和组合中约2,437个TDFs表达受到抑制或促进(占表达谱的4.6%),其中1,787个TDFs呈上调表达,650个TDFs表达受到抑制。
经克隆、测序和聚类分析后,亲和组186个nigenes,非亲和组为255个。GO分类方法对两个组合的nigenes进行功能注释,亲和与非亲和组合中分别有60%和56%的ESTs功能未知或者为No hits;两个组合中,差异表达的基因以基础代谢、信号及抗病类为主,表明小麦与条锈菌互作时,基础代谢以及信号传导等相关基因转录活跃,寄主通过加快自身的代谢以及积累更多的营养物质,以满足自身及小麦条锈菌专性寄生的需要,同时也会启动一系列信号途径响应病原菌的侵染。qRT-PCR分析表明,基因的表达趋势与cDNA-AFLP表达谱基本一致,且大部分基因均受条锈菌诱导表达说明利用cDNA-AFLP分析小麦与条锈菌互作的基因表达谱及分离差异表达的基因是可行的。
. 以非亲和差异表达TDFs文库中的nigenes为Qurey方,用BLASTN搜索亲和互作数据库DB-TDFs进行比对分析结果发现两个组合中ESTs序列161条,94条ESTs非亲和组合中,它们编码的产物涉及基础代谢、信号与抗病反应及蛋白质代谢等各功能分类。对两个组合中qRT-PCR分析表明:大部分基因在亲和互作及非亲和互作中均诱导表达,但在两个组合中表达的强度和启动表达的时间有所不同qRT-PCR分析的结果并结合cDNA-AFLP的表达谱可推测,在小麦与条锈菌互作体系中,基因表达的种类在亲和与非亲和互作中基本一致,基因表达的强度与时间的不同可能是引致寄主植物抗病性变化的因素之一。
. 利用PCR筛选cDNA文库方法,获得了5个激酶类基因,分别暂命名为TaRLK(2393 bp)TaCIPK(1993 bp)TaLRR-RLK(2272 bp)TaSTK(1831 bp)TaCDPK(1441 bp)它们分别编码受体激酶(684 aa),CBL互作蛋白激酶(439 aa),LRR-受体激酶(605 aa),丝氨酸/苏氨酸激酶(433 aa)和钙依赖蛋白激酶(342 aa);InterProScan分析表明,TaRLK,TaCIPK,TaSTK三个蛋白的磷酸化作用需依赖ATP,TaCIPK具有该蛋白家族特有的NAF基序编码25个氨基酸,主要调控TaCIPK与钙调磷酸酶B(CBL)的相互作用;TargetP预测发现,TaRLKTaLRR-RLK类受体激酶编码蛋白具有N端信号肽,可能是分泌蛋白质;Tmpred分析表明,
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