2008-芯片技术和肿瘤中DNA甲基化研究.pdfVIP

维普资讯 逢 HEREDITAS(Beijing)2008年3月，30(3)：295—303 ISSN0253-9772 WWW．chinagene．crl 综 述 DoI：10．3724ISP．J．1005．2008．00295 芯片技术与肿瘤中DNA甲基化研究 田筱青， 孙丹凤， 张燕捷， 房静远 上海交通大学医学院附属仁济医院，上海市消化疾病研究所，上海 200001 摘要：DNA甲基化是表观遗传学的一个重要部分。它参与基 因转录调控，x染色体失活，发育调控及细胞分化 的过程。异常的DNA 甲基化与癌症 的发生密切相关。芯片技术的发展为高通量研究DNA 甲基化提供 了新的 方法。各种芯片技术以不同的DNA预处理方法为基础，包括免疫沉淀和限制性 内切酶等。免疫沉淀方法特异 性高，而限制性酶的方法具有较高的灵敏度。虽然每种方法都有一定的局限性，但是它们为在基 因组范围研究 癌症的甲基化谱提供 了更多的选择。 关键词：DNA甲基化；芯片；免疫沉淀；限制性 内切酶；癌症 M icroarray—basedmethodsto identifyDNA methylation ln CanCer TIANXiao—Qing，SUNDan—Feng，ZHANGYan—Jie，FANGJing—Yuan ShanghaiJiaotongUniversitySchoolofMedicine，RP fHospital,ShanghaiInstituteofDigestiveDiseases，Shanghai200001，China Abstract：DNA methylation isanepigeneticmodificationassociatedwith genetranscriptionregulation，X-chromosome inactivation，regulationofdevelopmentna dcelldifferentiation．AberrnatDNA mehtylationhasbeenlinkedtOcna cer．The adventofmicroarraytechnologyhasprovidednew opportunitiesforhigh-throughputstudyonDNA mehtylation．Various microarray-basde mehtodsdependondifferentpretreatmentsincludingimmunoprecipitationnadrestrictiondigestion．AI- htougheachtechn iquehasitslimitations，hteimmunoprceipitationmehtodhashighspecificitY,nadhterestrictiondigestion mehtodshowshighsensitivity．Togehterhteyprovidemna ychoicestohtesutdyofgenome-wideDNA mehtylationprofile incnacer Keywords：DNA methylation；microarray；ilmnunoprecipitation；restrictionenzyme；carcinoma 表观遗传修饰包括 DNA甲基化和组蛋白修饰等， 人类基因组中的认识十分有限。一定程度上说缺少高 是一种可遗传的基因修饰方式但不涉及 DNA序列的 通量的筛选技术是阻碍基因组水平研究 DNA 甲基化 改变。在过去的 10年，DNA 甲基化研究领域快速发 谱系的关键因素。以亚硫酸氢盐 处理为基础的方法 展并成为分子遗传学的一个重要分支。DNA 甲基化参 是最经典的甲基化研究方法，但是费时费力且只能以 与基因的转录调控，x染色体失活，发育调控和细胞 特定的基因为 目标。限制性酶切基因组扫描是一种有 分化 】【q1。异常的DNA甲基化与癌症及许多其他疾病 效的研究 甲基化谱系差异的方法，但是酶切位点的有 的发生密切相关I圳。然而，目前对于DNA甲基化在 限性和仪器设备的特殊性限制了此