疾病代謝網路之建構與分析—以精神疾病及相關代謝物為例.pdfVIP

專題摘要 疾病代謝網路之建構與分析 — 以精神疾病及相關代謝物為例 指導教授：陳光琦 老師 學生：張雅涵、黃秀雅、賴君瑜 一、開發動機 人類疾病因種族、性別、年齡、基因、環境等多種因素而不同，許多 疾病與代謝系統有著密不可分的關係，至今雖然有許多研究在探討疾病和 代謝系統 (metabolic system)的關聯性，但疾病與代謝之間、疾病與疾病 之間仍存在著間接的關係或潛在因素待科學家去探索。 疾病的種類多樣且複雜，過去的文獻雖然有一些精神疾病 (mental disorder) 與代謝系統之間的研究，然而相關研究尚少且並未有定論，故 以 精神疾病為主軸，分析精神病患病歷資料及精神疾病相關代謝物之代謝路 徑 ，分別建構疾病網路與代謝網路 ；進一步藉由精神疾病的疾病-基因與代 謝物 -基因的關係，連結疾病網路層 與代謝網路層 ，建構出精神疾病代謝網 路 (disease metabolic network) ，並研究其交互關係。 二、目的 為了探索疾病和代謝的關聯性，本研究以精神疾病及其相關代謝物為 例 ，建構疾病體學的疾病代謝網路，探討台灣的精神疾病代謝網路的特 色。 並藉由網頁呈現方便使用者查詢精神疾病與其相關疾病 ，顯示查詢的 精神疾病之疾病代謝網路，以了解到其關聯性 ；藉由精神疾病和代謝的網 路關聯， 推論代謝影響疾病的關係，並且進一步研究或是預防 。 三、方法 在建構的過程中，本研究 以 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 代謝資料庫的 精神疾病相關代謝物之代謝路徑，建構精神疾病 之代謝網路；利用R統計軟體分析台灣健保資料庫中2006~2008年間全體住 院病患精神疾病組之病歷資料，考量疾病之盛行率，計算任兩疾病間之 - 相關係數為兩疾病之共患性，建構精神病患之疾病網路；而代謝網路層和 疾病網路層之間的連結則以Perl腳本語言擷取 OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) 資料庫和 GAD (Genetic Association Database) 資料庫 中 精神疾病之基因-疾病與基因-代謝物資料 ，透過共同基因關係連結疾病 與代謝物；繪圖軟體Gephi視覺化疾病網路、代謝網路 、精神疾病代謝網路， 呈現 疾病和代謝的關聯性；經由Seadragon將Gephi輸出的網路圖，在網頁 呈現上具有放大和縮小的功能；最後以 ASP.net建構網頁 ，使精神疾病代謝 網路圖 不但在網頁上呈現，並可執行查詢功能 ，讓使用者清楚地查詢精神 疾病所關聯到的其他疾病 ，以及相關代謝物資訊。 四、結果 鑒於醫學和資訊密不可分，利用資訊與統計工具將台灣健保資料庫之 住院病患病歷資料結合代謝資料庫 、疾病基因資料庫 ，建構出精神疾病代 謝網路，探討台灣的精神病患之疾病代謝網路的特色。藉由網頁呈現方 式，讓使用者能夠透過疾病代謝路徑拓展的網路連結，了解精神疾病與其 他疾病之關聯 性，清楚地看到查詢疾病的資訊及其相關性，釐清疾病與代 謝的關係，進而達到疾病的預防與治療，並提供實用的資訊給相關研究者 參考。 圖一：精神病患 組的疾病網路圖 疾病網路係以2006~2008年全體住院病患精神疾病組的病歷資料所建構，連結數 越多的節點尺寸就越大，與其相關的疾病也越多。