同一代谢通路上基因表达相关性分析.pdfVIP

生里卫生煎吐2塑§生!旦墨蛰鲞墨!塑 同一代谢通路上基因表达相关性分析” 杜磊李霞郭政宫滨生 哈尔滨医科大学生物信息学系(150086) 包头医学院数学教研室(014010) 闻风霞 基因芯片技术是近年来发展起来的一种可以快 方法与材料 速、高通量的探测基固在同一时刻表达水平的新技术。 可用于研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段 1．材料：结肠癌(colon 的基因表达，研究比较正常和疾病状态下基因表达及 之一．病因目前尚未完全清楚，仍以手术切除为主要治 J，包括多 疗方法。目前认为主要是由环境因素与遗传因素综合 其表达的差异等。人们已经发展多种方法_1 元统计分析、机器学习方法和模式识别方法等研究分 析基因表达谱数据，探测基因表达调控网络及与疾病 基因表达谱实验数据，原实验为采用点有6500个寡聚 发生发展的关系等。 核甘酸探针组的基因芯片，样本包括40例结肠腺癌组 大量的生物学实验证实，基因及其蛋白产物很少 织和22例正常结肠组织。这里．我们仅采用u 单独起作用，他们倾向于成组的通过网络交互作用而 AI．0N[41等筛选出的包含2000个基因的表达谱数据 影u向生物系统的功能。代谢与调控通路(PATH、 wAY)是生物体内基本功能单元。目前，基于PATH、 gy／affydata／index．html) wAY的研究非常多。Rona|dJanse【21等整合了大量的 酵母数据集，分析了蛋白质在mRNA表达水平上的互 作关系，发现相同蛋白质复合物的亚基在mRNA水间的相似性。 平上的表达量普遍具有显著的相关性。Akihiro(1)欧氏距离 Nakaya[3]等利用在通路图中构造子图的方法来寻找 一D —l d(x，y)=I∑(x。一■)2Ij 相关的基因簇，并利用此方法，根据基因在染色体和代 f‘l 谢通路中的位置，以及三维结构上的相似性，发现了与 其中，D表示基因x，Y的检测样品个数，x。，y：分别 结肠癌相关的一部分基因簇。由此可以看到分子间的 表示基因x，y在第j个样本中的表达水平。 交互作用与功能间的关系。 (2)Pearson相关系数 目前，同时结合基因表达谱数据和通路的信息来 研究基固表达与功能之间关系的文献并不多见。基于 线性相关的程度，相关系数范围在一1～1之间，一1表 大量的分子生物学实验结果建立了多个代谢通路与调 示完全负相关，1表示完垒正相关，0表示不相关。由 En． 于本文考察的是基因表达之间的相关程度，并不注重 节通路数据库。其中比较著名的有KEGG(Kyoto of cyclopediaGenesandGenomes)数据库。KEGG以 图解的细胞代谢与调节通路如代谢、信号传导、细胞周 系数取了绝对值。 期等系统地描述基因及其蛋白产物的功能、相互作用 (3)随机重排法(permutaLion) 和联系。这些通路数据库的建立给我们结合基围表达 为了考察两两基因之间的相似性测度是否具有统 谱数据和通路的信息来研究基因表达与功能之间关系 计学意义，我们使用了随机重排方法获得基因之间的 柑似性测度分布。