兰大量子力学计算操作步骤.doc

High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  Gaussian 计算实例 何永辉（hee_csu@126.com），Mar., 2010 作者简介：何永辉，中南大学化学化工学院 2007 级博士研究生，师从向娟、周 飞艨教授，主要研究方向为重大疾病致病机理的研究等。 计算优化乙烯结构： 假设计算机上已经安装好了 Gaussian03 和 GaussView3.07 这两个软件， 第一步，写好高斯输入文件： 1、开始运行 GaussView3.07，点击 File、New、Create MolGroup，打开一个新的窗口，如下 图： 2、点击按钮 Carbon Trigvalent(S-S-D)，打开元素页面，   Page 1 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  3、点击碳碳双键按钮，在下面蓝色窗口中点两下，建立一个乙烯分子。 4、点击菜单上的 Calculate，选中 Gaussian..，打开高斯计算设置窗口。   Page 2 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流 Page 3 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  5、设定工作类别 optimization， 6、设定计算方法，Ground State 表示计算基态，DFT…表示用密度泛函理论，Unrestricted 表示用非限制性的，即分别计算α电子和β电子；B3LYP 表示用的函数为 B3LYP 函数。下 一行为计算所用基组设置，本计算采用的基组为 6-31G，后面的是加极化函数和弥散函数，我们 这儿暂时不考虑。然后再一下行第一个 Charge 表示计算分子所带电荷量，这里设为 0，表示是 中性分子；然后是自旋多重度 spin，singlet 表示自旋多重度为 1，分子中没有单电子。   Page 4 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  7、设置作业标题，手写输入 ethylene opt。 8、设置所需资源，%chk=ethylene.chk 表示计算结果生成的 chk 文件命名为 ethylene.chk， %mem=6MW 表示计算所需内存为 6M，%nproc=1 表示所需 cpu 数目为 1。   Page 5 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  9、下一个为 General，去掉所有的钩，再后面的 Guess（初始猜测）、NBO（成键轨道分析） 和 Solvation（溶剂化）不用管。 10、点击 Edit，提示保存作业，如下图所示：   Page 6 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  11、出现保存页面，输入文件名 ethylene.gjf，点击 Save 保存， 12、接着会跳出提示运行 gaussian 界面，点击 Cancel 取消，因为我们想在学校的高性能计   Page 7 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  算平台上运算，而不是在 windows 下运算。然后会跳出写字板，显示出我们刚才设置的 的内容，现在我们已经写好了 Gaussian 计算的输入文件。下一步把文件传到我们学校的高 性能计算平台。 第二步，上传高斯输入文件至服务器：   Page 8 of 19 High Performance Computing Platform of CSU 13、双击桌面的 SSH Secure File Transfer 快捷方式  中南大学高性能计算平台用户经验交流 ，打开文件传输软件客户端， 输入登陆主机名称 ，用户名，端口 22，然后 connect。 14、输入登陆密码 15、登陆进入学校的高性能计算平台，即服务器。   Page 9 of 19 High Performance Computing Platform of CSU  中南大学高性能计算平台用户经验交流  16