计算机在药物研究中的综合实践课程设计与实施.pdfVIP

药学教育2012年 第28卷 第2期 计算机在药物研究中的综合实践课程设计与实施 罗海彬 黄志纾 中山大学药学院 广州 510006 摘 要 作为本科生理论综合应用能力和创新能力的拓展课程，《计算机在药物研究中的综合实践》设置了复合型 目标。由理论讲授一验证实验一开放式探索型实验阶段过渡，内容在理论方面注重经典、探索型实验选择方面注重前 沿，采用全班集中学习和分组实验教师指导两种方式，取得较理想的教学效果。 关键词 实践课程；ig程设计；药物研究；计算机 随着药学研究的不断推进，采用多学科知识体 目引导、软件下载、网上案例资源库等。软件方面， 系和计算机软件辅助工具已经成为国际新药研发必 学院已购买国际上通用的药物设计软件 TRIPOS 不可少的手段。而当前国内药学院的实验教学主要 Sybyl7．3．5、AccelrysDiscoveryStudio2．5．5，MOE 集中在药物化学、药物分析、药理学和药物制剂等专 2008．10、Hyperchem7．5、Amber10．0等，可供教学 业基础实验的学习，少数几所高校开设了计算机辅 使用，且能满足教学需要。实践课程所在药物设计 助药物研究的实践教学。作为研究型大学药学研究 研究中心还拥有 16台工作站，可供 l5位学生同时 和高等人才培养机构，学院教学工作以培养复合型、 登录操作。课程组 目前配有三位教师和 3名研究生 创新型药学专业人才为 目标 ，从 2009年开始灵活设 教辅，其中两位教师主要负责理论课程教学和验证 置了多门特色课程，为药学研究和应用实践培养后 性实验演示，全体课程组教师都参与学生探索性实 备人才，《计算机在药物研究中的综合实践》即是其 验指导。另外，课程还甄选了九个探索性实验项 目 中之一。 以分子对接和虚拟筛选为主 ，正在尝试建设探索 一 、 课程定位与 目标 性实验项 目资源库。 课程内容主要以计算机辅助药物分子设计为 2．课程的定位 主，具有多学科交叉应用的特点，涉及数学、数理统 根据学院人才培养的目标和本科生知识、技能 计、物理化学、有机化学、药物化学、生物化学、计算 基础，结合课程组教师对国内同类课程教学情况的 机软件模拟技术等多学科知识，复合程度较高。相 调查，笔者将计算机在药物研究中的综合实践课程 对于传统药物研究领域，计算机辅助药物分子设计 定位为：本科生理论综合应用能力和创新能力的拓 研究领域形成的历史较短，理论的系统性还有待提 展课程，安排在本科三年级期间。选修该科的学生 高。与此同时，该领域具有较强的实践针对性，且结 应学完基本药学理论 ，具备基本的数理统计知识并 合了计算机软件新技术，因此对于从事研究和应用 掌握了计算机常规操作。 的人员的基础理论和计算机软件应用能力要求较 3．课程 目标 高，突破传统的创新意识要求较高。 鉴于课程的特点和定位，本课程 目标分为知识 1．现有课程资源 目标、技能和方法 目标、情意 目标，具体见表 1。 课程选取俞庆森 《药物设计》、姜凤超 《药物设 二、课程的设计和实施 计学》、徐筱杰 《计算机辅助药物分子设计》等教材 I．课程设计 为主要参考书 目，基本覆盖了本研究领域经典药物 围绕课程 目标，根据学生认知规律，课程采用理 设计理论。同时还建设了课程网站，内容包括理论 论 验证性实验 综合探索性实验逐步推进的课程 课程P 、练习题、验证性实验方案、探索性实验项 设计路线，实验由单一性、验证性逐渐过渡到多层 收稿 日期：2011—12．22。 基金项 目：广东省高等教育本科教学改革专项基金，编号BKJGZZ座机电话号码；广东省高等教育本科特色专业建设点基金。 作者简介：罗海彬，男，博士，教授，从事药物化学和计算机辅助药物分子设计研究。 一 27 — 药学教育2012年 第28卷 第2期 次、综合性、一体化、创新性实验。本课共 8O学时， 综合探索性实验选择若干 目前结果已知的研究内容 其中理论、验证性实验和探索性实验的时间分配为 转变为相应的实验项 目，将学生分组后选择一个项 1：1：1．8。前期的理论教学主要以教师讲授为主；中 目开始探索性实验。整个探索性实验从最初的文献 期验证性上机实验，根据每个实验的操作条件和结 检索到最后结果汇报都有相应的教师跟踪指导，保 果等帮助学生理解所学理论 ，熟悉软件功能；后半期 证学生在有限时间内自主性完成实验。 表 1 计算机在药物研究中的综合实践课程 目标分解表 2．课程内容 3．课程实施 理论课程部分：包括结构活性关系研究、分子结 本课程包括2O课时理论教学、2O课时验证性 构优化、分子对接、高通量虚拟筛选和分子动力学模 上机实验和36课时探索性实验。完成理论学习和 拟等2O个课程案例；5