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中图分类号 :TP39 文献标识码 :A 文章编号 :1009 - 2552 2009 06 - 0038 - 03
系统发育树构建方法研究
冯思玲
(海南大学信息科学技术学院 , 海口 570228)
摘 要 : 系统发育树的构建与分析是生物信息学中的一个重要分支 。研究系统发育树可以重建
祖先序列和估计分歧时间。对构建系统发育树的四种方法进行概述 , 主要包括基于距离的方法 ,
( ) ( )
简约法 MP , 最大似然法 ML 和贝叶斯树估计方法 。并对基于这些方法的软件进行简要介
绍 , 最后对系统发育树构建技术中的难点问题进行分析 。
关键词 : 系统发育树 ; 基于距离方法 ; 简约法 ; 最大似然法 ; 贝叶斯树估计方法
Research on method of the construction of phylogenetic trees
FEN G Siling
( School of Information Science Technology , Hainan University , Haikou 570228 ,China)
Abstract : The construction and analysis of phylogenetic trees is an important part in bioinformatics. The main
obj ectives of studying the construction of phylogenetic trees can reconstruct ancestors’sequences and estimate
the time of divergence . The four methods about constructing phylogenetic trees are described , which are based
on distance method , parsimony method , maximum likelihood methods and Bayesian tree estimate methods.
The software package based on these methods is briefly introduced , at last the difficult points about tree
building techniques are analyzed .
Key words : phylogenetic trees ; distancebased methods ; parsimony method ; maximum likelihood methods ;
Bayesian tree estimate methods
0 引言 签的有根二叉树 ,根表示祖先序列 。系统发育树主
系统 发 育 树 也 称 系 统 进 化 树 ( phylogenetic 要是它的拓扑结构和分支长度 。分支长度表示突变
) ( ) 的时间。拓扑表示树的分支模式 ,有 N 个叶子可生
tree ,它是用类似树状分支的图来表示各种 类 生
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