真核生物内含子数据库构建.pdfVIP

第43卷增刊 中山大学学报(自然科学版) V01．43 Suppl 2004年6月 ACTASCIENTIARUMNAlURAUUMUNIVERSn、A11SSUNYAl观Nl Jun．2004 真核生物内含子数据库构建“ 何淼，李继东，张尚宏 (中山大学生命科学学院，广东广州510275) 摘 要：通过下载国际一级序列数据库C,enBank的序列数据，开发研制了真核生物基因内含子数据库EID，该 数据库由一个主数据库和多个子数据库组成，子数据库包括细胞核内含子数据库、细胞器内含子数据库，以及 植物、无脊椎动物、灵长类、啮齿类、其他哺乳类和其他脊椎动物等不同类型生物内含子数据库。文中详细介 的查询方式，提供的分析工具等。EID将建设成为研究内含子功能和进化起源的生物信息学平台。 关键词：真核生物，内含子，数据库 中图分类号：Q754文献标识码：A 文章编号：0529—6579(2004)SI．0050-06 研究表明，在微生物中，非编码序列的区域只 因为它揭示了关于RNA加工的信息，同时也表现 占整个基因组序列的10％～20％。随着生物的进出内含子的功能重要性。内含子的具有选择剪接功 化，非编码区越来越多，在高等生物和人的基因组 能。内含子的选择剪接已经被证明在生物发育的不 中，非编码序列已占到基因组序列的绝大部分。表 同时期和不同组织里起着很重要的作用。例如，人 明这些非编码序列必定具有重要的生物功能，普遍 的基因组中30％以上的基因都是经过选择剪接而 的认识是它们与基因的表达调控有关。 成的。通过选择剪接，一个基因可以不同的剪接翻 内含子作为非编码序列的重要成分之一，通常 译成几个不同功能但相关的蛋白，从而提高了遗传 真核生物基因内含子表现自我剪接功能。近年来， 的复杂性。极端的时候，不同的蛋白会有着截然不 对内含子的进一步研究发现其具有多样性功能的特 同甚至相反的功能【1引。内含子在选择剪接过程中 征。主要表现为以下几个方面，内含子对基因表达 可以起标点符号作用来分开外显子，或提供支持选 具有增强作用，即充当增强子，调控基因表达的重 择剪接机制的作用【】41。 要方式是通过由环状蛋白组成的转录因子作用 正确掌握内含子的位置信息，对于研究内含子 DNA完成[1’2]，内含子可充当启动子的角色‘3|。内 的功能和进化起源有着至关重要的作用。任何此类 含子可以充当介导因子【41；一个由RNA介导的基 数据的错误，哪怕是很少，都会对由同源蛋白推导 因调控例子就是线虫的L11WA基因，它调控 出内含子位置信息作图、研究内含子移动等其它分 LINE[4基因转录后表达，而它源于一个没有开放 析研究产生很大的影响。事实上，GenBank本身含 读码框的基因中的内含子[5]。第二类则为小核RNA 有很多错误；第一类错误主要是书写错误，比如有 (snRNA)№]。内含子能够参与RNA编辑n’8J。内含 些内含子一外显子边界与实际的边界有偏离；第二 子对基因表达抑制的作用。内含子不仅对